آناليز فيلوژنيك و مطالعه‌ي خصوصيات توالي ژن LSD142 شش جدايه‌ي ويروس بيماري لمپي‌اسكين ايران و سويه‌هاي ثبت شده كاپري‌پاكس‌ويروس در بانك‌ژن

Phylogenetic analysis and invastigation of LSD142 gene sequence characteristics in six Iranian isolates of Lumpy Skin disease virus and Capripoxviruses in Genbanck

بيماري لمپي‌‌‌اسكين (lumpy skin disease: LSD) يك بيماري ويروسي در گاو است كه زيان‌هاي اقتصادي قابل توجهي به صنعت دامپروري وارد مي‌كند. هدف پژوهش كنوني، بررسي خصوصيات توالي ژن LSD142 ، يكي از ژن‌هاي احتمالي موثر بر حدت، در ويروس LSD و آناليز فيلوژنيك آن در شش جدايه‌ي ايران طي سال‌هاي 1394-1393 و سويه‌هاي كاپري-پاكس‌ويروس بانك‌ژن بود. در اين پژوهش، ژن LSD142 شش ويروس جدا شده از از استان‌هاي كرمانشاه، آذربايجان‌غربي، فارس، قم، خوزستان و خراسان‌شمالي توالي‌يابي شد. سپس با انجام آناليز‌فيلوژنيك، قرابت آن‌ها با ساير ويرس‌هاي جنس كاپري‌پاكس ويروس موجود در بانك ژن مقايسه گرديد. نتايج نشان‌دهنده همولوژي صددرصدي شش جدايه مورد مطالعه با يك‌ديگر و همچنين با ديگر سويه‌‌هاي حاد عامل LSD در دنيا بود. همچنين، نتايج آناليز فيلوژنيك نشان داد كه با استفاده از اطلاعات توالي اين ژن نه‌تنها مي‌توان هر سه ويروس آبله‌ي بزي، آبله‌ي گوسفندي و ويروس LSD را از يك‌ديگر تفكيك نمود، بلكه ويروس حاد و واكسينال LSD نيز از يك‌ديگر قابل تمييز مي‌باشند. خوشه ويروس‌هاي آبله‌ي ‌بزي به سه دسته‌ي مختلف از نظر جغرافيايي تقسيم شد كه سويه‌هاي آسياي جنوب غربي و آفريقايي، سويه هاي شرق آسيا و سويه‌هاي شمال غربي آسيا را در بر گرفت. در خوشه ويروس‌هاي آبله‌ي ‌گوسفندي، تنها ويروس آفريقايي در خوشه مجزايي نسبت به ديگر سويه‌هاي آبله گوسفندي قرار گرفت. اين يافته‌ها نشان مي‌دهد كه ژن LSD142 مي‌تواند در پايش برنامه‌هاي ريشه‌كني و پژوهش‌هاي اپيدميولوژيك كاپري‌پاكس ويروس‌ها مورد استفاده قرار گيرد.

Lumpy skin disease (LSD) is a viral infectious disease of cattle associated with a drastic economic loss in the livestock industry. The aim of this study was to investigate sequence and phylogenetic analysis of LSD142 gene, a putative virulence gene in Capripoxviruses, in six lumpy skin disease viruses isolated in Iran during 2013 to 2014 and Capripoxvirus in the Genbank. The LSD viruses were isolated from different provinces of Iran, including Kermanshah, West-Azerbaijan, Fars, Qom, Khuzestan, and North Khorasan, and following sequencing the LSD142 gene, its homology was compared with other Capripoxvirus in the Genbank using phylogenetic analysis. The isolated LSD viruses showed a 100% identity in LSDV142 gene sequences with the virulent LSD viruses and with each other. Phylogenetic analysis revealed that not only the candidate gene has the potential to differentiate Capripoxvirus into three groups including LSD, sheep pox virus (SPV) and goat pox virus (GPV), but also the vaccinal and virulent strain of LSD virus could be divided. The GPV group was divided three geographical categories including Southwest and African strains, East Asia strains and Northwest Asia strains. In the SPV group, the African virus was separated from other strains of the SPV. These findings suggest that the LSD142 gene could be used for the genotyping and molecular epidemiology studies of the Capripoxvirus.