بررسي همبستگي‌هاي دامنه بلند DNA براي ژن‌هاي مؤثر بر توليد شير گاو

سابقه و هدف: وجود همبستگي‌هاي دامنه بلند در ملكول DNA اشاره به وجود فرآيندهاي بازآرايي يا مضاعف شدگي DNA دارد. اين نوع پديده‌ها كاربرد مستقيم در اصلاح نژاد ندارند و بيشتر در بررسي‌هاي تكاملي به كار مي روند. در اين پژوهش فرض شد كه با استخراج همبستگي‌هاي دامنه بلند DNA بين تمامي نوكلئوتيدهاي مختلف درون يك ژن، مي‌توان به درجه‌اي از ارتباط بين آن‌ها در وهله اول دست يافت و از اينرو احتمالا پژوهش‌هاي متكي به كشف SNP را بهتر مي‌توان جهت دهي كرد. مواد و روش‌ها: 24 ژن از ژن‌هاي موثر بر توليد شير گاو در اين پژوهش انتخاب شدند. توالي ،طول، شماره دست يابي، تعداد و طول هر اگزون و جايگاه آن بر روي كروموزوم از بانك ژني NCBI دريافت و توالي‌ها با فرمت FASTA ذخيره شدند. با استفاده از نرم افزاري كه قبلا با زبان #C طراحي شده بود با توجه به خواسته پژوهش، شماره دسترسي ژن‌هاي مورد بررسي وارد گرديد و خروجي مناسب به دست آمد. براي محاسبه همبستگي‌هاي دامنه بلند DNA ژن‌هاي مورد بررسي، از نرم افزار CorGen استفاده شد. يافته‌ها: نتايج نشان داد كه سطح معني داري از همبستگي دامنه بلند در توالي DNA ژن‌هايي مانند EZR, FGG, KRT6A, RAB1A, EIF3L, TBC1D20, ZNF419, S100A16, MRPL3, TPPP3, PHF10 وجود دارد. توان كاهشي حاصل از برازش تابع قانون توان روي همبستگي‌هاي دامنه بلند بدست آمده از ژن‌ها با طول‌هاي متفاوت، در دامنه 0.146و 0.643 قرار داشتند، لذا مي‌توان نتيجه گرفت كه كاهش ميزان همبستگي‌هاي دامنه بلند با افزايش فاصله بين بازه‌هاي توالي DNA از روند تصادفي پيروي نمي‌كنند. بنابراين، هندسه فركتال طبيعت نيز در اين ژن‌ها ديده مي‌شود. نتيجه‌گيري: ژن‌هاي مورد بررسي پيچيدگي‌ بالا و مقياس ناوردايي را در DNA خود دارند. همچنين مشخص شد ميزان بسامد حاصل از همبستگي‌هاي دامنه بلند در ژن‌ها متفاوت اما نزديك به هم بود. پيشنهاد مي‌شود اين نواحي از نظر وجود عدم تعادل پيوستگي مورد كنكاش بيشتري قرار گيرند.