رديابي و آناليز تبارزايي چهار ويروئيد مهم آلوده كننده ‌تاكستان هاي استان زنجان

Detection and phylogenetic analysis of four important viroids from vineyards in Zanjan province

ويروئيدها در دو خانواده آوسان‌ ويروئيده با سه جنسPelamoviroid) ، Avsunviroidو (Elaviroid و پوسپي‌ ويروئيده با پنج جنس (Pospiviroid, Coleviroid, Cocaviroid, Hostuviroid, Apscaviroid) طبقه­ بندي مي‌شوند كه ويروئيدهاي شناخته شده انگور متعلق به سه جنس خانواده پوسپي‌ و‌يروئيده هستند. به­ منظور بررسي وضعيت آلودگي به ويروئيدهاي انگور از تاكستان­ هاي استان زنجان نمونه‌برداري به‌صورت انتخابي از گياهان داراي علائم مشكوك و همچنين فاقد علائم ظاهري مشخص بيماري‌هاي ويروئيدي انجام و در مجموع 121 نمونه گياهي داراي علائم يا بدون علائم جمع‌آوري شد. استخراج آران­اي‌كل از بافت­هاي برگي و آوندي صورت‌ گرفت و سپس، ساخت دي­ان­اي مكمل (cDNA) با استفاده از آغازگر تصادفي شش تايي انجام شد. آزمون نسخه برداري معكوس-واكنش زنجيره اي پليمراز (پي سي­آر) با استفاده از آغازگر اختصاصي ويروئيدهاي براي رديابي ويروئيدهاي Grapevine yellow speckle viroid 1(GYSVd-1) ،(GYSVd-2) Grapevine yellow speckle viroid 2،(HSVd) Hop stunt viroid، Australian grapevine viroid (ASGVd) انجام شد و نتايج حاكي از تكثير قطعات اختصاصي مربوط به ويروئيدهاي ذكر شده به ترتيب در 16، 19، 24 و 26 نمونه (حدود 14%، 16%، 20% و 22% نسبت به كل نمونه ­هاي آزموده شده) بود. تعيين ترادف نوكلئوتيدي هفت محصول پي­سي­آر به صورت انتخابي وبررسي روابط تبارزائي بر اساس توالي­ هاي نوكلئوتيدي نشان‌ داد كه جدايه ­هاي جديد رديابي ­شده در اين تحقيق با جدايه ­هايي كه قبلاً از ايران گزارش شده­ اند در يك گروه تبار­زايي قرار مي­گيرند. علاوه براين، آلودگي مخلوط ويروئيدهاي مذكور نشان داد بيشترين آلودگي مخلوط مربوط به آلودگي با ويروئيد كوتولگي رازك با ساير ويروئيدها در اكثر مناطق نمونه برداري شده بود. اين مطالعه اولين گزارش از شناسايي ويروئيدهاي مهم آلوده‌ كنندة تاكستان‌هاي استان زنجان بر اساس داده‌هاي مولكولي مي باشد.

Viroids are classified in two families including Avsunviroid that consists of three genera (Pelamoviroid, Avsunviroid and Elaviroid) and pospiviroid including five genera (Apscaviroid, Hostuviroid, Cocaviroid, Coleviroid and Pospiviroid). Grapevine-infecting viroids belong to the three genera in the pospiviroid family. A total of 121 symptomatic and non- symptomatic leaf and green shoot samples were collected from the main vineyards in Zanjan province to detect the important viroids infecting grapevines. Total RNAs were extracted from the samples and then cDNAs were synthesized by cDNA synthesize Kit with a random hexamer primer. Specific primers used to detect Grapevine yellow speckle viroid 1(GYSVd-1), (GYSVd-2) Grapevine yellow speckle viroid 2, (HSVd) Hop stunt viroid, Australian grapevine viroid (ASGVd) in reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). The results revealed that the specific DNA fragments corresponding to each viroids were amplified in PCR. Percentage of infections were 14%, 16%, 20% and 22% for GYSVd-1, GYSVD-2, HSVd and ASGVd relative to total number of examined samples, respectively. Sequencing of seven selected PCR-amplified fragments showed that each newly sequenced segment was classified in a clade with the previously reported respective isolates from Iran. In addition, the most mixed infection related to HSVd and other viroids. This is the first assay to detect the four important viroids infecting vineyards form Zanjan province