شناسايي چندشكلي ژن FecB در گوسفند با استفاده از روش سريع و كم هزينه Tetra-ARMS PCR

Detection of FecB gene polymorphisms in sheep using rapid and low-cost tetra-ARMS PCR

ژن FecB يكي از ژن هاي بزرگ اثر در ارتباط با صفت دوقلوزايي درگوسفند است. براي شناسايي ژن FecB از آنزيم AvaII داراي جايگاه برشي جهش ژن FecB در روش PCR-RFLP استفاده مي شود. استفاده از اين آنزيم بدليل سمي بودن ژل اكريل آميد و گران بودن آن مقرون به صرفه نمي باشد. بنابراين، اين پژوهش به منظور طراحي آغازگرهاي اختصاصي جهت شناسايي سريع و كم هزينه ژن FecB انجام شده است. تكنيك Tetra ARMs PCR، باعث حذف آنزيم AvaII ، جايگزيني ژل ايمن آگارز با ژل اكريل آميد، صرفه جويي در هزينه و زمان لازم براي تعيين ژنوتيپ مي شود. چهارآغازگر براساس روشTetra ARMs PCR طراحي شد. اين آغازگرها بر روي 3000 نمونه آزمايش شدند. بعد از انجام PCR و الكتروفورز، سه قطعه به طول 108، 213 و 276 جفت باز تكثير و در نهايت سه ژنوتيپ براي ژن FecB مشاهده گرديد. به منظور اعتبار سنجي آغازگرهاي طراحي شده، 20 نمونه بصورت تصادفي براي توالي يابي ارسال شد. پس از اعتبارسنجي، نتايج تعيين ژنوتيپ شده با استفاده از آغازگرهاي بهينه شده ي روش Tetra ARMs PCR با روش PCR-RFLP مطابقت كامل داشت. اين روش براي تشخيص ژن FecB در تعداد زيادي از نمونه ها، سريع و مقرون به صرفه است و مي تواند جايگزين روش پر هزينه هضم آنزيمي شود.

The FecB gene is one one of the major genes associated with the twinning trait in sheep. AvaII enzyme has a restriction site containing FecB gene mutation is used for genotyping by PCRRFLP method. Due to toxicity and expensive price, using this enzyme is not considered reasonable and economical. So, this research was performed to design specific primers for rapid and economical detection of FecB gene. Tetra ARMs PCR technique, caucuses elimination of AvaII enzyme, replacement of acrylamide gel by safe agarose gel, and of course saving time and money for genotyping. Four primers were designed, based of Tetra ARMs PCR method, and were tested on 3000 samples. After PCR and electrophoresis, three fragments with a length of 108, 213 and 276 bp were amplified and finally three genotypes were observed for FecB gene. In order to validate the designed primers, 20 samples were randomly sequenced. After validation, the result of this research indicates that the final obtained genotype in Tetra ARMs PCR method is same as the results from PCR-RFLP method. Tetra ARMs PCR method is rapid and economical for detection of FecB in a larger number of samples and can replace by enzyme digestion method which is all of more expensive.