بررسي SNPهاي موجود در ژن هاي مرتبط با متابوليسم چربي و گلوكز در ژنوم شترهاي تك‌كوهانه و دوكوهانه‌هاي اهلي و وحشي

Investigation of SNPs in genes related to lipid and glucose metabolism in the genome of dromedary, domestic Bactrian and wild Bactrian camels

مقدمه: هدف از تحقيق حاضر، شناسايي SNPهاي موجود در ژن هاي مرتبط با متابوليسم چربي و گلوكز در ژنوم شترهاي تك‌كوهانه و دوكوهانه اهلي و وحشي بود. مواد و روش ها: بدين منظور، ابتدا ژن هاي مهم مرتبط با متابوليسم چربي (15 ژن) و گلوكز (17 ژن) در پستانداران با استفاده از آناليز DDD و هم چنين مرور مقالات معتبر شناسايي شد. به منظور اعتبار‌سنجي براي ژن هاي انتخاب شده، آناليز هستي‌شناسي ژن روي آن ها اجرا شده و عبارات معني­ دار مربوط به چربي و گلوكز مشاهده شد. در مرحله بعد، SNPهاي مشترك بين سه نفر شتر تك‌كوهانه (993474)، چهار نفر شتر دوكوهانه اهلي (1246741) و دو نفر شتر دوكوهانه وحشي (2586654) استخراج شده و SNPهاي موجود در ژن هاي مورد مطالعه در كل ژنوم سه گونه شتر، شناسايي و دسته‌بندي شدند. نتايج: نتايج به دست آمده نشان داد كه بيش ترين SNPهاي شناسايي شده، در نواحي اينتروني، بالادست و پايين ­دست ژن ها بوده و از انواع تغيير نوكلئوتيد‌هاي تنظيمي به شمار مي‌روند. برخي از ژن ها داراي الگوهاي متفاوتي از نظر SNPها در بين سه گونه بودند. به طوري كه برخي ژن ها در برخي از گونه‌ها داراي تعدادي SNP و در ساير گونه‌ها، بدون تغيير نوكلئوتيد بودند. نتيجه گيري و بحث: ژن هاي شناسايي شده به خصوص آن دسته از ژن هايي كه الگوهاي متفاوت تغيير نوكلئوتيدي در شترها نشان دادند را احتمالا مي‌توان گزينه‌هايي براي مطالعه روند تكامل در اين حيوانات قلمداد كرد.

The aim of the present study was to identify the SNPs located in the genes that are associated with lipid and glucose metabolism in the genome of Dromedary, domestic and wild Bactrian camels. For this purpose, firstly, important genes that related to lipid (15 genes) and glucose (17 genes) metabolism in mammalian were identified using DDD analysis and also reviewing of the authentic papers. In order to evaluate the accuracy of selected genes, gene ontology analysis was performed on them and significant lipid- and glucose-related terms were observed. In the next step, common SNPs among three Dromedaries (993,474), four domestic Bactrian (1,246,741) and two wild Bactrian camels (2,586,654) were extracted, identification and classification were done for SNPs of studied genes in the whole genome of three camel species. The results showed that the most of the identified SNPs are located in the intron, upstream and downstream of the genes that considered as regulatory variants. Some genes showed different pattern of SNPs among three specises, so that, several genes had SNPs in some species and no variant in other species. Identified genes, especially those that showed different variant pattern in camels, may be considered as options for studying of evolution presses of these animals.