پديد آورندگان :
ﭘﯽرﯾﺰ، ﻋﻠﯿﺮﺿﺎ داﻧﺸﮕﺎه ﺷﻬﯿﺪ ﭼﻤﺮان اﻫﻮاز - داﻧﺸﮑﺪه ﮐﺸﺎورزي - ﮔﺮوه ﻣﻬﻨﺪﺳﯽ ﺗﻮﻟﯿﺪ و ژﻧﺘﯿﮏ ﮔﯿﺎﻫﯽ، اﻫﻮاز، اﯾﺮان , ﻧﮋادﺻﺎدﻗﯽ، ﻟﯿﻼ داﻧﺸﮕﺎه ﺷﻬﯿﺪ ﭼﻤﺮان اﻫﻮاز - داﻧﺸﮑﺪه ﮐﺸﺎورزي - ﮔﺮوه ﻣﻬﻨﺪﺳﯽ ﺗﻮﻟﯿﺪ و ژﻧﺘﯿﮏ ﮔﯿﺎﻫﯽ، اﻫﻮاز، اﯾﺮان , ﻧﺒﺎﺗﯽاﺣﻤﺪي، دارﯾﻮش داﻧﺸﮕﺎه ﺷﻬﯿﺪ ﭼﻤﺮان اﻫﻮاز - داﻧﺸﮑﺪه ﮐﺸﺎورزي - ﮔﺮوه ﻣﻬﻨﺪﺳﯽ ﺗﻮﻟﯿﺪ و ژﻧﺘﯿﮏ ﮔﯿﺎﻫﯽ، اﻫﻮاز، اﯾﺮان
كليدواژه :
ﺗﺮﻧﺴﮑﺮﯾﭙﺘﻮم , ﻣﺘﯿﻞ ﺟﺎﺳﻤﻮﻧﺎت , ﻣﯿﮑﺮوارﻧﺎ , زﻧﯿﺎن
چكيده فارسي :
microRNA (ميكروارنا)، دسته‌اي از مولكول‌هاي كوچك و غير كد كننده بوده كه بيان ژن را در حيوانات و گياهان تنظيم مي‌كند. زنيان (Trachyspermum ammi)، گياه شناخته شده‌اي از نظر خواص دارويي مي‌باشد. تاكنون گزارشي از شناسايي ميكروارنا براي گياه دارويي زنيان در پايگاه داده mirbase ثبت نشده است. از اين رو در مطالعه حاضر به‌منظور پيش‌بيني ميكروارنا و ژن‌هاي هدف، از رويكرد محاسباتي مبتني بر جستجوي همساني از طريق الگوريتم Blastx در برابر پايگاه داده mirbase استفاده شد. پارامترهاي درصد باز GC، حداقل انرژي آزاد تاخوردگي، شاخص حداقل انرژي آزاد تاخوردگي و ساختار ثانويه صورت گرفت و توالي‌هاي كانديد پيش‌ساز ميكروارنا شناسايي شدند. به‌منظور بررسي بيان ژن‌هاي منتخب با استفاده از PCR time Real يك آزمايش در قالب طرح كاملاً تصادفي در گلدان روي اكوتيپ اراك زنيان در سه سطح صفر، 12 و 24 ساعت پس از اعمال متيل جاسمونات صورت گرفت. در مجموع تعداد نه ميكروارناي mi156، miR160، miR166، miR168، miR171، miR172، miR396، miR477 وmiR827 شناسايي شد. نتايج تخميني نشان داد كه آنها 931 ژن متعلق به چندين خانواده ژني با عملكردهاي بيولوژيكي متفاوت در زنيان را تنظيم مي‌كنند. جاسمونات و مشتقات آن مولكول‌هاي سيگنال دهنده گياهي هستند. از اين رو، بيان miR160 و miR166 با تكنيك PCR time Real مورد ارزيابي قرار گرفت. نتايج نشان داد كه pri-miR160 و pri-miR166 در پاسخ به تيمار متيل جاسمونات افزايش پيدا مي‌كنند. اين موضوع نشان مي‌دهد كه pri-miR160 و pri-miR166 با انتقال هورمون مرتبط است.
چكيده لاتين :
MicroRNAs are main groups of small, non-coding molecules that regulate gene expression in animals and plants. Ajwain (Trachyspermum ammi) is plants known for their medicinal properties. To date, no miRNAs have beenidentified in T. ammi. Therefore, in the present study, a computational approach based on homology search through Blastx algorithm against mirbase database was used to predict miRNA and their target genes. The parameters of GC percentage, minimum folding free energy, minimum folding free energy index and secondary structure were determined and the sequences of miRNA precursor candidate were identified. In order to investigate the expression of selected genes using Real time PCR, an experiment was performed in a completely randomized design on the ajwain Arak ecotype at three levels of 0, 12 and 24 hours after methyl jasmonate application. A total of nine miRNAs including miR156, miR160, miR166, miR168, miR171, miR172, miR396, miR477 and miR827 were identified. It was estimated that they regulate 931 of T. ammi genes, which belong to several gene families with different biological functions. Jasmonate and its derivatives are plant signaling molecules. Therefore, miR160 and miR166 expression was evaluated by Real time PCR technique. The results showed that pri-miR160 and pri-miR166 was up-regulated in response to methyl jasmonate treatment, that indicated pri-miR160 and pri-miR166 were associated with hormone transfer
