چالش هاي تشخيص آزمايشگاهي كوويد 19: يك مطالعه مبتني بر Real time RT-PCR

Laboratory diagnosis challenges of Covid-19: a Real-time RT-PCR assay-based survey

مقدمه : اخيرا يك كروناويروس جديد به نام SARS-CoV-2 در ووهان چين در دسامبر 2019 كشف گرديد. در حال حاضر روش هاي مولكولي حساسي براي تشخيص اين ويروس وجود دارد. هدف از مطالعه كنوني تشخيص مبتلايان به اين ويروس و همچنين بررسي چالش هايي بود كه بطور عملي در تشخيص اين ويروس با تكنيك Real-time RT-PCR(rRT-PCR) با آن مواجه مي گرديم. روش كار : 271 نفر شامل 105 زن و 166 مرد به روش سرشماري از 15 فروردين ماه تا تيرماه 99 در اين مطالعه نام نويسي شدند. نمونه هاي سوآب نازوفارينژيال و اوروفارينژيال از افراد مشكوك جمع آوري و استخراج RNA براي تشخيص ويروس با روش rRT-PCR انجام گرفت. يافته ها: 52 نفر از زنان و 82 نفر از مردان از لحاظ كوويد 19 مثبت بودند. به هر حال از لحاظ تكنيكي ، نتايج نشان داد كه در بازه زماني 15 فروردين تا 15 ارديبهشت ماه سال 1399 در كيت هاي دريافتي ، محتواي كيت هاي rRT-PCR با كنترل مثبت آلودگي داشتند. در 8 % موارد نمونه هاي قطعي كنترل منفي پس از مرحله استخراج و در فرايند rRT-PCR با مستر ميكس واكنش و پيك هايي در دستگاه نشان مي دهند. از سويي نتايج نشان داد كه در برخي از كيت ها، محتواي مستر ميكس بدون اضافه نمودن نمونه به آن خودبخود در 7 % موارد در دستگاه پيك هايي شبيه كنترل مثبت ايجاد مي نمايند. نتيجه گيري : كنترل منفي هاي متعددي براي تشخيص ويروس كوويد 19 در مرحله استخراج و روش rRT-PCR لازم است تا از بروز پاسخ مثبت كاذب جلوگيري نماييم.

Introduction: A novel coronavirus has recently been discovered in Wuhan, China in December 2019 named SARS-COV-2. Sensitive molecular assays are now available for detection of SARS-COV-2. The aims of this study were to detect positive subjects of SARS-COV-2 and to survey some challenges that are encountered practically in detection of the virus by Real-time RT-PCR (rRT-PCR) technique. Materials and methods: 271 subjects including 105 women and 166 men were registered by census method from 15 April to 15 Jun of 2020. Nasopharyngeal and oropharyngeal swab samples of suspicious cases were collected for RNA extraction to identify SARS-COV-2 by rRT-PCR amplification. Results: 69% of the positive SARS-COV-2 patients over the age 50 were men. However, technically the results showed that in the time period of 15 April to 15 May of 2020 the contents of received rRT - PCR kits were infected with positive control. 8 % of certain negative control samples showed a signal resembling to that of the positive samples in the rRT - PCR process. In addition, the results showed that in some of the rRT - PCR kits the master mix would produce signals like positive control without adding the sample to it automatically in 7 % of the tests. Conclusion: Having different types of negative control for diagnosis of SARS-COV-2 is necessary to reduce the chance of having false positive results.