دستورالعمل ساده و كارآمد استخراج DNA براي برگ‌هاي قديمي و هرباريومي تمشكين (تيره مارچوبه‌ايان)

A simple and efficient DNA extraction protocol for old herbarium leaves of Bellevalia (Asparagaceae, Scilloideae)

DNA استخراج شده با كيفيت بالا در بدست آمدن باندهاي واضح در مرحله الكتروفورز و نتايج صحيح در تعيين توالي نقش مهمي ايفا مي­كند. معمولا CTAB يكي از روش هاي رايج براي استخراج DNA است كه براي برگ­هاي قديمي نمونه­هاي هرباريومي سرده تمشكين (Bellevalia) كه متابوليت هاي ثانويه با اثر بازدارندگي دارد مناسب نسيت. براي حل اين مسئله، تغييراتي در مراحل مختلف CTAB اعمال شد و تركيبات زغال فعال، فنل، استات پتاسيم و RNase استفاده شد و آب ديونيزه جايگزين Tris EDTA شد تا ناخالصي­ها حذف شده و DNA با كيفيت تري بدست آيد. داده­هاي ميزان جذب DNA روش جديدبا روش CTAB در طول موج­هاي 260 و 280 نانومتر مقايسه شد. نتايج، تغيير 15تا80 برابري در غلظت DNA را نشان داد. اين مطالعه روش اصلاح شده­اي را پيشنهاد مي­كند كه امكان استخراج DNA با كيفيت بالاتري نسبت به روش CTAB را از برگ­هاي قديمي نمونه هاي هرباريومي Bellevalia امكان­پذير مي­كند.

High-quality DNA extraction plays an important role to make sharp bands in the gel electrophoresis and also produces clean chromatograms. Usually, DNA extract is delivered using the modified CTAB method but this method cannot obtain high-quality DNA for molecular analysis from old dried leaves of Bellevalia due to having different chemical compounds which inhibit to obtain a clear DNA extraction. To solve the problem, in different phases of a modified CTAB protocol, activated carbon, phenol, potassium acetate, RNase and deionized water (instead of TE) were applied to eliminate contaminants and improve obtained high-quality DNA. The DNA absorption data from the modified method were compared with CTAB method in 260 and 280 nm wavelengths. The results showed a 15-80-fold change in the DNA concentration. This study suggests the modified method of extraction is more efficient in the quality of DNA obtained from the little amount of herbarium old leaves of Bellevalia than that of the CTAB method