شناسايي چندشكلي‌هاي تك نوكلئوتيدي بر روي ترانسكريپتوم گاو نژادخالص سيستاني و آميخته‌ سيستاني با گاوهاي هلشتاين، سيمنتال و مونت بيليارد

مقدمه و هدف: آميخته‌گري بين گاوهاي بوس اينديكوس با بوس تاِئوروس در منطقه سيستان ايران طي سال‌هاي اخير و از طريق استفاده از اسپرم مايع، اسپرم منجمد و يا گاو نر خارجي انجام شده است. در خصوص اثرات برنامه‌هاي آميخته‌گري در گاو سيستاني مطالعات اندكي در ايران وجود دارد. پژوهش حاضر، به منظور شناسايي چندشكلي‌هاي تك نوكلئوتيدي (SNP) مبتني بر داده‌هاي RNASeq در گاوهاي نژاد خالص سيستاني و آميخته‌هاي آن با سه نژاد گاوهاي خارجي هلشتاين، سيمنتال و مونت بيليارد انجام شد.مواد و روش‌ها: در اين تحقيق، از داده‌‌هاي RNASeq مربوط به گاو نژاد خالص سيستاني، آميخته سيستاني و هلشتاين، آميخته سيستاني و مونت بيليارد و آميخته سيستاني و سيمنتال استفاده شد. به اين منظور، در ابتدا از سياهرگ دمي گاوهاي نژاد خالص و آميخته آن با هلشتاين، سيمنتال و مونت بيليارد (4 تيمار و براي هر تيمار دو تكرار بيولوژيكي) در شرايط يكسان محيطي، تغديه‌اي و مديريتي واقع در مركز اصلاح نژاد گاو سيستاني شهر زابل خونگيري شد.يافته‌ها: آناليز شناسايي SNPبر روي ترانسكريپتوم با استفاده از بسته نرم‌افزاري SAMtools انجام شد كه به ترتيب منجر به شناسايي 152496، 177042، 134285 و 163362 جايگاه SNP در گاوهاي نژاد خالص سيستاني و آميخته‌هاي آن با سه نژاد گاوهاي خارجي هلشتاين، سيمنتال و مونت بيليارد شد. در اين مطالعه، ارتباط مستقيمي بين تعدادSNP ‌هاي شناسايي شده و طول كروموزوم‌ها وجود نداشت. همچنين 12 نوع SNPشناسايي شد كه چهار نوع جايگزيني نوكلئوتيدي عملكردي و هشت نوع جايگزيني نوكلئوتيدي غيرعملكردي بودند. متداولترين SNP‌هاي شناخته شده، از نوع جايگزيني نوكلئوتيدي عملكردي بودند كه در نژادخالص سيستاني 71/84 درصد، در آميخته سيستاني و هلشتاين 72/65 درصد، در آميخته سيستاني و سيمنتال 72/60 درصد و در آميخته سيستاني و مونت بيليارد 71/94 درصد وجود داشت. نتيجه‌گيري: در مجموع نتايج اين مطالعه تاييد نمود كه فناوري RNASeqروشي موثر، اقتصادي و كارآمد براي شناسايي جايگاه‌هايSNP است و دليل اختلاف تعداد SNP‌هاي شناسايي شده در اين مطالعه و مطالعات مذكور احتمالاً ناشي از تفاوت گونه‌ها، نژادها، نوع بافت مورد ارزيابي و ساير عوامل و فاكتورهاي موثر در ارزيابي RNASeq نظير تعداد نمونه‌ها مي‌باشد.