عنوان مقاله :
انگشت‌نگاري و فيلوژني مولكولي برخي از سيانوباكتري‌هاي هتروسيت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پاليندروم‌هاي به شدت تكراري به عنوان ماركرهاي مولكولي
پديد آورندگان :
نوروزي ، بهاره دانشگاه آزاد اسلامي واحد علوم و تحقيقات تهران - گروه بيوتكنولوژي , فهيمي ، حسين دانشگاه علوم پزشكي آزاد اسلامي تهران - دانشكده علوم و فناوري‌هاي نوين - گروه ژنتيك
كليدواژه :
آناليزهاي درون رايانه‌اي , Aphanizomenonaceae , Calotrichaceae , Hapalosiphonaceae , Nostocaceae
چكيده فارسي :
هدف از اين مطالعه، يافتن روابط فيلوژنتيك سيانوباكتري‌ها براساس ژن‌هاي 16S rRNA و ITS و توالي‌هاي پاليندرومي HIP، ERIC و STRR بوده است. به اين منظور، نمونه‌برداري از پنج چشمه از قنات‌هاي كم‌عمق روستاهاي گنبدكاووس (استان گلستان) انجام شد و در محيط كشت Z8 خالص‌سازي گرديد. پس از استخراج DNA، ژن‌هاي 16S rRNA و ITS تكثير و توالي‌يابي شدند. درخت فيلوژنتيك با استفاده از روش Likelihood Maximum و مدل مناسب به كمك وب سرور برخط Iqtree server ساخته شد. ساختار ثانويه ITS، در بخش‌هاي مختلف مارپيچ D1D1′، D2، D3، tRNAIle، tRNAAla، BOX B، BOX A و V3 به كمك برنامه Mfold رسم شد. سپس، آناليز فيلوژنتيك انگشت‌نگاري‌ها به كمك حضور و عدم حضور باندهاي مجزا و قابل تكثير در هر الگوي انگشت‌نگاري DNA توليد شده با پروفايل‌هاي PCR HIP، ERIC و STRR، به اطلاعات دوتايي تبديل براي ساختن دندروگرام مركب، استفاده شد. نتايج نشان داد كه سويه‌هاي مورد بررسي متعلق به چهار تيره به اسامي Aphanizomenonaceae، Nostocaceae، Hapalosiphonaceae و Calotrichaceae از زيربخش راسته Nostocales بودند. نتايج كلاسترهاي دندروگرام‌هاي رسم شده حاصل از تكثير توالي‌هاي پاليندرومي تاييدكننده كلاستربندي‌هاي درخت‌هاي فيلوژنتيكي بود. به هر حال، نتايج حاصل از بخش‌هاي متغير در بخش‌هاي D1D1′ و BoxB ژن ITS، ساختارهاي ثانويه منحصر به فردي يافت گرديد كه الگوي مشابهي با سويه‌هاي نزديك به خود را نداشتند. نتايج كلي نشان داد كه داده‌هاي حاصل از انگشت‌نگاري‌هاي ژنوميك، آناليزهاي درون‌رايانه‌اي و فيلوژنتيكي، براي تمايز سويه‌هاي نزديك به هم سيانوباكتري‌ها بسيار مفيد مي‌باشند.
