پويش ژنومي‌جزاير همخوني و ژن هاي مرتبط با آن در جمعيت گوسفندان دنيا

مقدمه و هدف: امروزه از شناسايي رشته‌هاي هموزايگوت Run of Homozygosity (ROH) براي تعيين ميزان همخوني در ژنوم گوسفند استفاده مي‌شود. محل رشته‌هاي هموزايگوت كه به طور مستمر تحت انتخاب هستند يا حاوي جهش‌هاي مطلوب اند، تمايل به تثبيت شدن در ژنوم دارند و در طي سال‌ها جزاير ROH را تشكيل دهند. با شناسايي جزاير ROH مناطقي از ژنوم كه حاوي ژن‌هاي اقتصادي مهم هستند، قابل شناسايي اند. مواد و روش‌ها: در اين پژوهش به منظور شناسايي جزاير ROH مرتبط با ژن‌هاي تحت اثر انتخاب، داده تعيين ژنوتيپ شده 2536 رأس گوسفند از 68 نژاد مختلف از سراسر دنيا با تراشه ي 50k گوسفندي مورد بررسي قرار گرفت. پس از كنترل كيفيت داده‌ها، 45341 جهش تك نوكلئوتيدي در 2009 راس گوسفند باقي ماند. رشته‌هاي هموزايگوت با استفاده از نرم افزار Plink v1.09 شناسايي شد. يك درصد از جهش‌هاي تك نولكئوتيدي با بالاترين فراواني در رشته‌هاي هموزايگوت به عنوان جزاير ROH در نظر گرفته شد. يافته‌ها: به طور كلي 465 جزيره ROH با طول 27/43Kb تا 17Mb شناسايي شد كه كمتر از 1 درصد از ژنوم گوسفند را پوشش مي‌دهند. توزيع جزاير ROH در سرتاسر ژنوم يكنواخت نبود و از نژادي به نژاد ديگر متفاوت بود، اما برخي نقاط مشترك شناسايي شد. بيشترين و بلندترين جزاير ROH در نژادهاي اروپايي، كمترين و كوتاه ترين به ترتيب در نژاد‌هاي آفريقايي و آمريكايي مشاهده شد. در اين مطالعه 256 ژن در 111 جزيره ROH از كل 465 جزيره ي ROH شناسايي شد، كه تقريبا يك چهارم از كل ژن‌هاي مرجع شناسايي شده در ژنوم گوسفند، در محدوده جزاير ROH يافت شد. در حدود 103 QTL مرتبط با صفات شير، لاشه، وزن بدن، و پشم شناسايي شد. نتيجه گيري: نتايج اين پژوهش نشان داد كه فرايند انتخاب در نژاد هاي مختلف گوسفند براي صفات مهم اقتصادي در طي سال هاي طولاني، منجر به شكل گيري قطعات هموزايگوت زيادي به نام جزاير ROH در ژنوم گوسفند شده است كه پويش اين جزاير در سطح ژنوم مي تواند به عنوان راهبرد جايگزين براي شناسايي ژن ها و جايگاه هاي مرتبط با صفات اقتصادي مهم باشد.