مطالعه مقايسه‌اي پروفايل ترانسكريپتوم و شبكه ژن‌هاي اختصاصي عملكرد سيستم ايمني مرتبط با بافت اپتليال روده مبتني بر داده‌هاي ريزآرايه‌اي در طيور مبتلا به بيماري كوكسيديوز

مقدمه و هدف: بيماري كوكسيديوز كه توسط انگل‌هاي ايمريايي بروز مي‌كند، يكي از پر هزينه‌ترين بيماري‌هاي صنعت طيور به شمار مي‌رود. در اين راستا، شناخت نحوه پاسخ سيستم ايمني بدن به كوكسيديوز، مي‌تواند در طراحي روشهاي مولكولي پيشگيرانه و درماني در مقابل آن، كمك‌كننده باشد. هدف  پژوهش حاضر، شناسايي ژن‌هاي مهم دخيل در پاسخ سيستم ايمني طيور مرتبط با آلودگي انگل‌هاي ايمريا با استفاده از داده‌هاي ريزآرايه‌اي موجود در پايگاه‌هاي داده  با دسترسي آزاد بود.مواد و روش‌ها: در مطالعه حاضر، پس از جستجوي پايگاه اطلاعاتي GEO، دو مجموعه داده ريزآريه‌اي مرتبط با كوكسيديوز در طيور انتخاب شد. پس از اعمال كنترل كيفي و حذف داده‌هاي نامناسب، با استفاده از بسته نرم‌افزاري LIMMA در برنامه R به شناسايي ژن‌هاي با بيان بالا و پايين معنادار در پاسخ به آلودگي با ايمرياها پرداخته شد. همچنين، آناليز ژن آنتولوژي و مسيرهاي KEGG با استفاده از برنامه DAVID اجرا شد. متعاقباً، شبكه ارتباط متقابل پروتئين پروتئين مربوط به ژن‌هاي با تغيير سطح بيان معنادار شده، با استفاده از برنامه Cytoscape ترسيم شد.يافته‌ها: نتايج به‌دست آمده در اين پژوهش نشان دادند كه اغلب ژن‌هايي كه دچار افزايش بيان معنادار شده بودند، در دسته ژن‌هاي مرتبط با سيستم ايمني ذاتي قرار داشتند. ژن‌هاي با كاهش بيان معنادار نيز در فرآيندهاي متابوليكي دخيل بودند. با توجه به خروجي هاي اين مطالعه، به نظر مي‌رسد بيماري كوكسيديوز احتمالاً، به دليل آسيب به روده طيور، بيشترين اثر منفي خود را بر فرآيندهاي متابوليكي از جمله متابوليسم چربي مي‌گذارد. مدارك علمي موجود درباره افزايش بيان معنادار ژن‌هاي MMP1، MMP7 و MMP9 نشان داد كه كاتابوليسم كلاژن در بيماري كوكسيديوز يكي از موارد افزايش يافته مي‌باشد كه مي‌تواند ناشي از آسيب به بافت روده باشد. به نظر مي‌رسد تغيير سطح بيان ژن‌هاي موثر در متابوليسم برخي از مواد مغذي از جمله چربي‌ها، يكي از تأثيرات مهم بيماري كوكسيديوز باشد.نتيجه‌گيري: در نهايت، نتايج به‌دست آمده در مطالعه كنوني مي‌تواند در درك بهتر نحوه پاسخ سيستم ايمني طيور به بيماري كوكسيديوز مفيد باشد و اين تغييرات مشاهده شده در الگوي بيان برخي از ژن‌ها مي‌تواند به طراحي روش‌هاي درماني اين بيماري كمك كند.