استفاده از ايمونولوژي محاسبه اي براي تعيين شكاف هاي سطحي ناحيه متصل شونده به آنتي ژن در مولكول ايمونوگلوبولين G انسان

زمينه و هدف:  ايمونوگلوبولين ها [( immunoglobulins (Igs) ] گليكوپروتئينهاي دفاعي بدن هستند كه ميكروبها را به صورت اختصاصي شناسايي و تخريب مي‌كنند. ناحيه اي از آنتي بادي كه به آنتي ژن متصل ميشود، fragment of antigen binding (Fab) ناميده ميشود كه حاوي دومينهاي متغير و يك دومين ثابت از زنجيره هاي ســبك و ســنگين ميباشد. ايديوتيپها كه اپيتوپهاي واقع بر ناحيه متغير ايمونوگلوبولينها هستند، براي رديابي و هدفگيري سلولهاي B سرطاني بكار ميروند و معمولا نزديك شكاف هاي سطحي Igها واقع شده اند. هدف اين پژوهش بــكارگيري ايمونولــوژي محاسبه اي بـراي تعيـين شكاف هاي سطحي ناحيه  Fab مي باشد. مواد و روشها: توالي و ساختار سوم مولكول ايمونوگلوبولينG (IgG) مرجع انسان در پايگاه داده PDB (Protein Data Bank) بدست آمدند. شكاف هاي سطحي ناحيه Fab-IgG توسط نرم افزارهاي Profunc در پايگاه اينترنتي http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/profunc  و Isocleft finder تعيين گرديدند.   يافته ها:  ده شكاف در سطح مولكول IgG توسط نرم افزار Cleft Analysis شناسايي شدند. دو تا از بزرگترين اين شكاف ها در ناحيه متغير و سومين شكاف در ناحيه ثابت Fab  واقع شده اند.  همچنين سه  شكاف توسط نرم افزار Isocleft finder شناسايي شدند كه دو تا از آنها از اشتراك دومينهاي متغير و ثابت و سومي از دومينهاي ثابت ناحيه Fab  تشكيل شده اند.  نتيجه گيري: شكاف هاي سطحي IgG شناسايي شده در اين مطالعه ميتوانند در تعيين اپيتوپهاي مولكول IgG، ايديوتيپهاي اختصاصي و توليد آنتي باديهاي منوكلونـال اختصاصي ضد ايديوتيپ جهت رد يابي و هدف گيري سلولهاي B بدخيم، طراحي و توليد پروتئينهاي مشابه براي اهداف تشخيصي و درماني مورد استفاده قرار گيرند.