ارزيابي اثرات داكينگ و ديناميكي مولكولي تركيبات Abemaciclib،Hymenialdisine و Indirubinبر CDK-2 با مطالعه شبيه‌سازي

زمينه و هدف: كيناز وابسته به سيكلين 2 (CDK-2) يك سرين/ترئونين پروتئين كيناز با فعاليت تنظيمي در چرخه سلولي است. مهاركننده هاي اين پروتئين با توقف چرخه سلولي راهكارهاي انتخابي براي درمان انواع سرطان ها هستند. در اين مطالعه شبيه سازي شده، اثرات داكينگ وديناميك مولكولي Abemaciclib،Hymenialdisine وIndirubin بر CDK-2 به عنوان يكي از مهمترين فاكتورهاي موثر در چرخه سلولي مورد بررسي قرار گرفته است. روش كار: فايل PDB پروتئين CDK-2 و ساختار سه بعديAbemaciclib ،Hymenialdisine و Indirubin به ترتيب از بانك اطلاعات پروتئين (http://www.rcsb.org) و سرور pubchem به دست آمدند. پس از شبيه سازي CDK-2 در نرم افزار Gromacs، داكينگ مولكولي تركيبات بر روي CDK-2 توسط نرم افزار AutoDock 4.2 انجام شد. در نهايت مهمترين فاكتورهاي ديناميك مولكولي مانند RMSD، شعاع چرخشي و انرژي كل در حالت قبل از داكينگ در مقايسه با اين فاكتورها در مرحله بعد از داكينگ مورد آناليز قرار گرفتند. يافته ها: Abemaciclib با آزادسازي انرژي اتصال معادل kcal/mol -8/23 بيشترين تمايل براي اتصال به اسيدهاي آمينه موجود در جايگاه اتصال CDK-2 دارد. در عين حال اتصالAbemaciclib ،Hymenialdisine وIndirubin به CDK-2، منجر به كاهش معنادار در برخي فاكتورهاي ديناميك مولكولي مانند ميانگين انرژي كل، شعاع چرخشي، RMSD و همچنين ايجاد تغيير در ساختار ثانويه CDK-2 شدند. نتيجه گيري:Abemaciclib ،Hymenialdisine و Indirubin تمايل بالايي براي برهمكنش با CDK-2 دارند. بر اساس نتايج شبيه سازي ديناميك مولكولي، ساختار ثانويه CDK-2 پس از اتصال هر ليگاند به آن تغيير مي كند و مجموعه ليگاند و پروتئين را پايدارتر مي كند.