شناسايي نشانگرهاي مولكولي ريز ماهواره در گياه زعفران (.crocus sativus L) با استفاده از داده هاي RNA-Seq

زعفران ارزشمندترين گياه ادويه‎اي و دارويي جهان است. به‌نژادي زعفران به دليل اطلاعات اندك از ساختار ژنوم آن با مشكلات زيادي همراه است. از اين‌رو، دست‌يابي به اطلاعات ژنتيكي اين گياه از اهميت بسياري براي برنامه‌هاي به‌نژادي سنتي و مولكولي آن برخوردار مي‌باشد. نشانگرهاي مولكولي به‌ويژه نشانگرهاي قدرتمند هم‌بارزي همانند نشانگرهاي ريزماهواره (SSRs) جايگاه مهمي در برنامه‌هاي به‌نژادي دارند. در پژوهش حاضر براي اولين بار نشانگرهاي ريزماهواره‌ي SSR بنه گياه زعفران از ترانسكريپتوم بنه تحت تاثير بيماري قارچي Fusarium oxysporum استخراج شدند. در اين راستا پس از استخراج RNA، توالي‌يابي بر اساس چارچوب فني Novaseq6000 انجام شد. يكپارچه‎سازي نوپديد با بهره‌گيري از نرم‌افزار Trinity صورت گرفت و براي شناسايي SSRها از ابزار جستجوي MISA استفاده شد. بر اساس نتايج اين مطالعه، از 357028 رونوشت شناسايي شده، تعداد 70060 رونوشت دربرگيرنده‌ي توالي SSR بودند. همچنين از مجموع 89888 SSR شناسايي شده، تكرارهاي 1 و 2 نوكلئوتيدي بيشترين فراواني (50% و 26%) را به خود اختصاص دادند. بر اساس نتايج حاصل از الگوريتم BLAST، بيشترين ميزان شباهت رونوشت‌هاي حاوي SSRها با برنج و آرابيدوپسيس به‌ دست آمد. در مجموع از ميان يوني‌ژن‌ها، تعداد 18846، 23988 و 10969 به ترتيب در پايگاه‌هاي داده‌ي Nr، UNIPROT و GO شناسايي شدند كه تعداد 10375 يوني‌ژن در بين همه‌ي پايگاه‌ها مشترك بود. به دليل اهميت اين گياه در ايران به‌عنوان يك محصول راهبردي، توسعه نشانگرهاي هم‌بارز با چندشكلي بالا مانند نشانگرهاي SSR، براي بررسي تنوع ژنتيكي، ساخت نقشه‌هاي ژنتيكي، تجزيه و تحليل پيوستگي و نقشه‌يابي QTLs در برنامه‌هاي بهنژادي اين گياه مهم خواهد بود.