شناسايي SNP ها در ژن‌هاي CYC-B و PSY1 دخيل در رنگ ميوه گوجه‌فرنگي

به‌منظور شناسايي تنوع‌هاي تك نوكلئوتيدي (Single nucleotide polymorphism) در ژن‌هاي بتا سيكلاز (CYC-B) و فيتون سنتاز (PSY1) در ۹۳ ژنوتيپ گوجه‌فرنگي و سه رقم تجاري، قطعاتي به‌طول ۴۰۹ و ۱۰۰۰ جفت‌باز از نواحي كد‌كننده اين دو ژن تكثير شد. سپس جهت آشكارسازي چندشكلي در نواحي تكثيري اين ژن‌ها، هضم قطعات تكثيري با آنزيم‌هاي برشي Tru1I وPstI  انجام گرفت ولي چندشكلي بين ژنوتيپ‌ها مشاهده نشد. بنابراين چهار فرد از جمعيت‌هاي مختلف (اروميه، سردشت، تركيه و بوكان براي ژن CYC-B، اروميه، سردشت، تركيه و پيرانشهر براي ژن PSY1) انتخاب و قطعه تكثيري ژن‌ها در اين افراد توالي‌يابي شد. بعد از بازيابي قطعه تكثيري هر ژن، شناسايي SNPها با استفاده از هم‌رديفي توالي‌هاي هر ژن با نرم‌افزار Clustal Omega انجام گرفت. در ژن CYC-B هشت SNP شناسايي شد كه ۷۵ درصد آن‌ها از نوع همجنس با فراواني ۵۰ درصد A/G، ۲۵ درصد  T/Cو ۲۵ درصد آن‌ها از نوع غير‌همجنس با فراواني 12.5 درصد C/A و 12.5 درصد G/C بود. در ژن PSY1 نيز هشت SNP شناسايي شد كه به‌ترتيب سه و پنج SNP در ناحيه‌ي اگزون و اينترون قرار داشت. 62.5 درصد اين SNPها از نوع همجنس با فراواني 37.5 درصد A/G، ۲۵ درصد T/C و 37.5 درصد آن‌ها از نوع غير‌همجنس با فراواني ۲۵ درصد C/G و 12.5 درصد C/A بود. ميانگين تعدادSNP ها به ازاي هر ۱۰۰ جفت‌باز در قطعه تكثير شده ژن CYC-B، 0.44 بود در حالي‌كه در نواحي اينتروني و اگزوني ژن PSY1 به‌‌ترتيب 1.26 و 0.71 بود. SNPهاي شناسايي شده در اين تحقيق مي‌تواند در تهيه نقشه‌هاي ژنتيكي و همچنين شناسايي نشانگرهاي عملكردي مرتبط با صفت رنگ ميوه در گوجه‌فرنگي مورد استفاده قرار گيرد.