كلونينگ و تعيين توالي نوكلئوتيدي ژن كامل پروتئين ماتريكس ويروس بيماري نيوكاسل شايع در گله‌هاي مرغ گوشتي شمال شرق ايران

بيماري نيوكاسل يك بيماري ويروسي شناخته شده و يكي از اصلي‌ترين عوامل بيماري‌زا در صنعت طيور در سراسر جهان است. پروتئين ماتريكس (M) يكي از پروتئين‌هاي ساختاري ويروس بيماري نيوكاسل است كه نقش مهمي در بيماري‌زايي، تكثير و جوانه‌زني ويروس دارد و همچنين پوشش ويروسي را به كمپلكس ريبونوكلئوپروتئين (RNP) پيوند مي‌دهد. با توجه به نقش پروتئين ماتريكس، اين مطالعه با هدف فراهم نمودن اطلاعات تكميلي جهت تعيين هويت يك جدايه ويروس بيماري نيوكاسل با نام CH/RT40/IR/2011 شايع در گله‌هاي مرغ گوشتي تجاري استان خراسان رضوي انجام گرفت. ژن كامل پروتئين ماتريكس RT40 با استفاده از پرايمرهاي اختصاصي تكثير و سپس در پلاسميد PTZ57r/t كلون شد. پس از تعيين توالي نوكلئوتيدي تجزيه و تحليل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار CLC Main Workbench 5.5 انجام شد. درخت فيلوژنتيك با استفاده از روش Maximum likelihood با نرم‌‌افزار MEGA6 رسم شد. تعيين توالي ژن پروتئين ماتريكس (1241نوكلئوتيد)، درخت فيلوژنتيك و آناليز فواصل ژنتيكي بين ژنوتيپي نشان داد كه  RT40با تحت ژنوتيپ VII.1.1 ويروس‌هاي بيماري نيوكاسل ايراني (MF417546) و عراقي (MT370497,MT370499) شباهت دارد. بررسي توالي پروتئيني سيگنال‌هاي متمركزكننده هسته‌اي (247KKGKKVTFDKIEEKIRR263) و ديگر نواحي پروتئين ماتريكس RT40 نشان داد كه اين ويروس بسيار شبيه به ويروس‌هاي فوق حاد بيماري نيوكاسل است. يافته‌هاي حاصل از اين مطالعه تكميل‌كننده اطلاعات لازم براي شناسايي كامل جدايه RT40 و معرفي آن به‌عنوان يك سويه بومي ويروس بيماري نيوكاسل بود.