بررسي ترانسكريپتوم زيره سياه ايراني (Bunium persicum Boiss) در مرحله دانه‌بندي و شناسايي ريزماهواره‌هاي (SSR) ژنومي در اين گياه

زيره سياه ايراني از مهمترين گياهان بومي ايران است. دانه اين گياه در رژيم غدايي روزمره ايراني‌ها مصرف مي‌شود و همچنين داراي خواص دارويي و تركيبات معطر است. متاسفانه اطلاعات كمي در مورد ژنوم و نشانگرهاي مولكولي اين گياه وجود دارد. در اين پژوهش، ترنسكريپتوم زيره‌ سياه ايراني در مرحله دانه‌بندي توالي‌يابي شد و بعد از استخراج ريزماهواره‌هاي (SSR Markers) مرتبط با اين مرحله رشدي به تفسير آن‌ها پرداخته شد. گل‌آذين و ساقه اين گياه‌ بعد از استخراج RNA، توالي‌يابي شدند. توالي‌يابي با عمق 6 گيگ و طول قطعات 150 جفت باز و بصورت جفت-انتها انجام شد. داده‌هاي حاصل از توالي‌يابي توسط نرم‌افزارهاي مختلف آناليز شدند. بازچينش رونوشت زيره سياه ايراني توسط نرم افزار Trinity انجام شد. استخراج نشانگرهاي ريزماهواره توسط نرم‌افزار MISA انجام شد. در نهايت تفسير عملكردي توالي‌هاي دربرگيرنده ريزماهواره‌ توسط پايگاه داده WEGO انجام شد. ميزان GC نمونه‌هاي مختلف 47 تا 50 درصد بود. تعداد 8389 نشانگر ريزماهواره از 45146 ژن‌منفرد حاصل شد. حداقل 11 درصد ژن‌هاي منفرد حاوي ريزماهواره بودند. نوكلئوتيدهاي A/T و AG/CT بيشترين درصد نشانگرهاي ريزماهواره را در برداشتند. در ميان تكرارهاي سه نوكلئوتيدي، ATC/ATG و AAG/CTT بيشترين فراواني ريزماهواره‌ها را به خود اختصاص داد. نتايج تفسير عملكردي نشان داد كه ژن‌هاي منفرد حاوي نشانگرهاي ريزماهواره طيف وسيعي از فعاليت‌هاي بيولوژيكي گياه زيره سياه ايراني را پوشش مي‌دهند و ژن‌هاي درگير در تكامل و رشد دانه، حد بالايي از بيان را دارند. اين تحقيق براي اولين بار به بررسي نشانگرهاي ريزماهواره گياه زيره سياه ايراني پرداخته است. نتايج اين تحقيق مي‌تواند در پيداكردن نشانگرهاي مختلف براي برنامه‌هاي اصلاحي و توسعه ارقام با اهداف مختلف مفيد باشد.