شناسايي miRNAهاي حفاظت‌شده گل راعي (Hypericum perforatum) با استفاده از داده‌هاي توالي‌يابي نسل جديد

ژن‌هاي (miRNAs) دسته مهمي از تنظيم‌كننده‌هاي بيان ژني مي‎باشند كه نسبت به تنش‌هاي محيطي، پاسخ‌هاي متنوعي دارند و نقش كليدي در تنظيم بيان ژن‌ها در مراحل پس از رونويسي ايفا مي‎كنند. گل راعي perforatum)  Hypericum) بيشترين كاربرد را در درمان افسردگي به‌دليل تأثير هايپرسين و هايپرفورين دارد. پژوهش حاضر به‌منظور شناسايي miRNAهاي حفاظت‌شده و ژن‌هاي هدف آن‌ها در محتوي رونوشت (Transcriptome) گل راعي صورت گرفت. ابتدا نمونه‌هاي حاصل از توالي‌يابي RNA گل راعي از بانك اطلاعاتيEMBL-EBI (ENA)  دريافت شدند، سپس ترنسكريپتوم اين گياه سرهم‌بندي گرديد و رونوشت‌هاي غير كدكننده به پروتئين شناسايي و به‌عنوان توالي‌هاي كانديد پيش‌ساز miRNA در نظر گرفته شدند. در نهايت از بين توالي‌هاي كانديد با استفاده از نرم‌افزار C-mii شش miRNA با نام‌هاي Hp-miR395، Hp-miR845d، Hp-miR414، miR159 Hp-،Hp-miR159e  و Hp-miR156c پس از اعمال فيلترهاي سخت‌گيرانه شناسايي شدند. بررسي شبكه‌ برهم‌كنش پروتئين-پروتئين ارتباط ژن‌هاي هدف با پروتئين‌هاي هدف به‌ويژه عوامل رونويسي را مشخص كرد. در مرحله بعد جهت تأييد ژن‌هاي هدف براي miRNAهاي شناسايي شده محلول‌پاشي با غلظت‌هاي صفر (شاهد) و 200 ميكرو مولار متيل‌جاسمونات بر روي گل راعي انجام شد و الگو‌‌‌ي تغييرات بيان دو ژن هدف بررسي گرديد. در بررسي تغييرات ميزان بيانqRT-PCR  در زمانهاي 12، 24، 48 و 72 ساعت پس از اعمال تيمار متيل جاسمونات، افزايش سطح بيان نسبي براي رونوشت‌هاي (DN121523_c1_g4_i2) Hyp-1 و HD-Zip  (DN121003_c0_g1_i1) پس از 72 ساعت از كاربرد با متيل‌جاسمونات مشاهده شد. در مجموع با توجه به نقش تنظيمي miRNAهاي شناسايي شده در مطالعه‎ ي حاضر، مي ‎توان از اين ژن‌ها در شناسايي بهتر و دقيق‌تر مسير بيوسنتزي هايپرسين و هايپرفورين استفاده كرد.