داكينگ مولكولي پپتيد باكتريوسين انتروسين P با آنتي‌ژن سطحي باكتري اشرشياكلاي مولد ورم پستان در گاوشيري

استفاده بيش‌ازحد از آنتي‌بيوتيك‌ها براي درمان بيماري‌هايي مانند ورم پستان گاوهاي شيري ناشي از اشرشياكلاي، منجر به ظهور باكتري‌هاي مقاوم شده است كه تهديدي براي سلامت عمومي قلمداد مي‌شود. امروزه پپتيدهاي ضدميكروبي نظير باكتريوسين‌ها به‌عنوان عوامل بالقوه ضدميكروبي توجه بيشتري به خود جلب كرده‌اند؛ بنابراين بررسي پايداري و فعاليت ضدباكتريايي آن‌ها در شرايط بدن حيوان بسيار حائز اهميت مي‌باشد. لذا، باهدف بررسي پايداري حرارتي پپتيد انتروسين P ن (P (EntP، ابتدا ساختار سوم EntP با استفاده از سرور I-TASSER پيش‌بيني شد. سپس، پايداري اين ساختار در شرايط ديناميكي مولكولي مورد ارزيابي قرار گرفت. بدين منظور شبيه‌سازي با كمك نرم‌افزار GROMACS در مدت ‌زمان‌ ns 400 براي دماي طبيعي بدن گاوشيري (K°312) صورت گرفت. درنهايت منحني RMSD مربوط به اين پپتيد در مقايسه با زمان، در طول خط سير شبيه‌سازي رسم گرديد. به‌منظور بررسي برهم‌كنش پپتيد با پروتئين ليپوپلي‌ساكاريد سطحي D (LptD از باكتري اشرشياكلاي مولد ورم پستان از سرور آنلاين ClusPro استفاده شد. در بخش آزمايشگاهي نيز حداقل غلظت مهاركنندگي (MIC) و حداقل غلظت كشندگي (MBC) براساس روش ميكروبراث بر روي اشريشياكلاي برآورد گرديد. براساس نتايج گزارش‌شده توسط سرور I-TASSER، بهترين ساختار پيش‌بيني‌شده‌ي پپتيد EntP با ضريب اطمينان (C-score) برابر با 1.4 انتخاب شد. مقادير گزارش‌شده توسط پلات‌هاي ERRAT و Verify3D نشان داد كه ساختار سوم پيش‌بيني‌شده براي پپتيد EntP رضايت‌بخش است. گراف RMSD مربوط به بررسي پايداري حرارتي EntP در دماي بدن گاو نشان داد كه ساختار پپتيد EntP پس از مدت ns 400 داراي خط سير شبيه‌سازي پايدار است. نتايج مربوط به داكينگ مولكولي نيز نشان داد اين پپتيد به آنتي‌ژن LptD در موقعيت مناسب متصل مي‌شود. ميزان حداقل غلظت بازدارندگي (MIC) و حداقل غلظت كشندگي (MBC) به ترتيب 48.25 و96.5 (μg/ml) براي باكتري اشرشياكلاي برآورد شدند. اميد است در آينده بتوان از اين پپتيد به‌عنوان تركيبي جايگزين آنتي‌بيوتيك يا در كنار آن به‌منظور درمان بيماري‌هاي دامي با منشا اشرشياكلاي استفاده كرد.