شناسايي نشانه‌هاي انتخاب بر روي كروموزوم X در شترهاي تك ‌كوهانه ايراني با استفاده از داده‌هاي توالي ‌يابي كل ژنوم

مقدمه و هدف: هرچند برخلاف بسياري از گونه‌هاي دامي، انتخاب مصنوعي شديدي روي شترهاي تك‌كوهانه صورت نگرفته است، با اين حال آثاري از انتخاب طبيعي و انتخاب توسط انسان را مي‌توان به عنوان نشانه‌هاي انتخاب روي ژنوم شترها جستجو كرد. با پيشرفت تكنولوژي‌هاي جديد و توسعه ابزارهاي بيوانفورماتيكي، شناسايي اين نواحي مي‌تواند با دقت بالايي انجام شود. هدف اين مطالعه شناسايي نشانه‌هاي انتخاب روي كروموزوم X در شترهاي تك‌كوهانه ايراني با استفاده از داده‌هاي توالي‌يابي كل ژنوم بود. مواد و روش‌ها: براي انجام اين مطالعه، از داده‌هاي ژنومي شش شتر‌ تك‌كوهانه ايراني به عنوان جمعيت هدف و همچنين هشت نمونه شتر تك‌كوهانه شبه‌جزيره عربستان به عنوان جمعيت مرجع استفاده شد. شناسايي نشانه‌هاي انتخاب با استفاده از دو روش Fst و XP-EHH صورت پذيرفت. براي انجام اين آناليز، از اندازه پنجره kb 50 و اندازه قدم kb 25 استفاده شد و پنجره‌هاي ژنومي كه داراي نمره بالاتر از 99‌امين صدك توزيع ZFst و XP-EHH بودند، به عنوان نشانه‌هاي انتخاب احتمالي در نظر گرفته شدند. از برنامه BEDtools براي استخراج ژن‌هاي موجود در اين نواحي استفاده شد. آناليز ژن آنتولوژي روي ژن‌هاي مذكور با استفاده از برنامه g:Profiler انجام گرفت. يافته‌ها: براساس نتايج، به ترتيب 13 و 27 ژن با استفاده از روش Fst و XP-EHH به عنوان ژن‌هاي تحت انتخاب مثبت روي كروموزوم X شترهاي تك‌كوهانه ايراني شناسايي شدند. نتايج به دست آمده از آناليز ژن آنتولوژي نشان داد كه عبارات مرتبط با متابوليسم چربي سهم به‌سزايي در بين عبارات معني‌دار شده دارند. از جمله ژن‌هاي مهم شناسايي شده، DGAT2L6 و AWAT2 بودند كه در مقاومت شترها به سطح بالاي اشعه ماوراي بنفش در شرايط بياباني نقش دارند. همچنين ژن NSDHL كه در ساخت كلسترول دخيل است، احتمالا به باروري در نرها كمك مي‌كند. تنها مسير KEGG معنادار در اين مطالعه مربوط به متابوليسم ويتامين A بود. نتيجه‌گيري: به نظر مي‌رسد انتخاب ژن‌هاي مرتبط با متابوليسم چربي، رفتار و مقاومت به اشعه ماوراي بنفش در شترهاي تك‌كوهانه ايراني در راستاي تعامل با انسان ها و شرايط سخت بياباني بوده است. بدليل عدم انجام اصلاح نژاد روي شترها، به نظر مي‌رسد شناخت ويژگي‌هاي ژنومي اين حيوانات مي‌تواند به عنوان يك پيش ‌نياز در زمينه طراحي استراتژي‌هاي اصلاح‌نژادي در نظر گرفته شود.