آناليز in silico ژن 6- فروكتوز ترانسفراز در Triticum aestivum L.

ساكارز: فروكتان 6- فروكتوزيل ترنسفراز آنزيمي است كه انتقال گروه فروكتوزيل از ساكارز را به گيرنده‌هاي مختلف كاتاليز مي‌كند. اهميت اين پروتئين به دليل نقش آن در افزايش مقاومت گياه در برابر تنش‌ها مي‌باشد. به دليل اهميت انتقال ساكارز در سلول، اين ژن به كمك پايگاه‌هاي مختلف اطلاعاتي و نرم‌افزارهاي گوناگون بيوانفورماتيك مطالعه گرديد و با ژن‌هاي دخيل در هيدروليز O-glycosyle در گندم و نيز ژن‌هايي از ديگر گونه‌هاي گياهي مورد مقايسه قرار گرفت. آناليز فيلوژني 21 گونه مورد بررسي را در هشت گروه مجزا قرار داد. با برنامه FgenesH بر روي رشته مثبت اين ژن يك اگزون شناسايي گرديد و مشخص گرديد كه پروتئين پيش‌بيني شده آن 619 اسيد آمينه طول دارد. با برنامه MapViewer مشخص شد كه توالي حامل ژن ساكارز: فروكتـان 6 -فروكتوزيـل ترانسـفراز (6-SFT) اكسشن (JQ728011) بر روي كروموزوم شماره 4 گندم قراردارد. نقطه ايزوالكتريك (pI) پروتئين مورد نظر5.19، بار خالص آن 24- مي‌باشد و بررسي شاخص ناپايداري Instability indx)) نشان داد كه اين پروتئين عمر بالايي دارد. وزن مولكولي پروتئين ساكارز: فروكتـان 6- فروكتوزيل ترانسفراز معادل 68 كيلو دالتون دالتون تعيين شد و از نظر پديدايي (Ontology) اين پروتئين در داخل سلول مي‌ماند. اين پروتئين داراي دو دمين حفاظت‌شده PF00251 (Glyco- hydrolasy) و SSF75005 (Arabinana) در انتهاي آميني و يك دمين SSF49899 (Cancanava) در انتهاي كربوكسيلي مي‌باشد. استنباط گرديد كه اين پروتئين به واسطه دمين Glyco-hydrolasy پس از سنتز در سيتوپلاسم به هسته انتقال يافته و باعث تنظيم هيدروليز O-glycosyle در گندم مي‌گردد. مقايسه ساختار ثانويه پروتئين وجود صفحات آلفا را تأييد كرد. مدل‌سازي سه بعدي اين پروتئين در گندم به روش همولوژي مدلينگ و با استفاده از پايگاه داده Swiss Model پس از انتخاب الگوي مناسب با ميزان شباهت بالا كه از پايگاه داده PDB استخراج شد، انجام گرفت. جهت اعتبارسنجي ساختاري مدل ترسيم شده سه‌بعدي و آناليز استرئوشيميايي، نمودار راماچاندران ترسيم و زواياي دي‌هيدرال محاسبه شدند. نتايج ارزيابي كيفيت ساختاري نشان داد كه مدل‌هاي پيشنهادي داراي كيفيت و پايداري مناسبي مي‌باشند. مطالعه ساختار پروتئين مي‌تواند به درك عملكرد پروتئين كمك كند و بررسي جزئيات ساختار آن مي‌تواند در مطالعات جايگاه فعال پروتئين و داكينگ سودمند باشد.