بررسي كارايي نرم افزارهاي متاژنوميك در شناسايي تنوع گونه‏ هاي ميكروبي اندوفيت در گياه سنجد

يكي از مهم‏ترين علل پايداري هر نوع اكوسيستمي، تنوع زيستي و گوناگوني طبيعي موجودات آن اكوسيستم مي‏باشد. لذا شناخت تنوع گونه‏هاي داخل هر اكوسيستم به حفظ و نگهداري آن محيط كمك شايان مي‏كند. از جمله ناشناخته‏ترين گونه‏ها در هر محيط اكوسيستمي، ميكروارگانيسم‏هاي اندوفيت مي‏باشند. اين موجودات چون در داخل يك موجود زنده‏ي ديگر قرار دارند لذا از ديد زيست شناسان معمولاً مغفول مي‏مانند مگر آنكه بيماري يا عارضه خاصي در ميزبان خود ايجاد كنند. از طرفي چون اكثر اين ميكروارگانيسم‏ها غير قابل كشت هستند، لذا شناسايي آن‏ها از طريق روش‏هاي معمول غير ممكن مي‏باشد. با توسعه نسل جديد توالي‏يابي (Next Generation Sequence; NGS) اين امكان فراهم شده تا با يكبار استخراج دي‏اِن‏اِي كل (Total DNA) از ميزبان و توالي‏يابي همه‏ي محتواي ژنومي آن، بتوان بغير از ميزبان به توالي گونه‏هاي همراه يا اندوفيت آن نيز پي برد. براي بررسي كارايي اين نوع توالي‏يابي در شناخت تنوع گونه‏اي بعنوان نمونه، دي‏اِن‏اِي كل درختان سنجد منطقه شهرستان تبريز استخراج و مورد توالي‏يابي NGS قرار گرفت. از نرم افزارهاي CLC workbench، Metaphylan2 و Kraken براي آناليز داده‏ها و بدست آورده ژنوم گونه‏هاي مختلف داخل درخت استفاده گرديد. بر اساس نتايج بدست آمده، نرم‏افزار متافيلان نسبت به كراكن از كارايي بيشتري برخورد بود و گروه‏هاي ژنومي بيشتري را از هم تفكيك كرد. براساس نتايج متافيلان، بيش از چندين گونه از شاخه‏هاي مختلف باكتري، قارچ و ويروس در داخل نمونه‏ها يافت شد كه باكتري‏هاي بيمارگر گياهي از گروه شبه مايكوپلاسماها (Tenerictes) به طور قابل توجه‏اي غالب بودند. همچنين بطور غير معمول ژنوم گونه‏هاي از پروتوزواهاي بيمارگر پرندگان (Eimeria tenella) و مخمر بيمارگر گياهي (Eremothecium sp.) در داخل نمونه‏ها يافت شد.