مطالعه بيان افتراقي ژن‌هاي بافت رحم مرتبط با كيفيت پوسته تخم مرغ با استفاده از داده‌هاي ترانسكريپتوميكس

با توجه به نقش كيفيت مطلوب پوسته تخم مرغ در مواردي همچون حمل‌ونقل و تبادلات گازي محتواي داخل تخم مرغ با بيرون از آن و نيز يكي از روش هاي بهبود صفات، با تكيه بر ساختار ژنتيكي صفت، اعمال انتخاب ژنتيكي است؛ در اين پژوهش با هدف مطالعه پروفايل بيان ژن و تعيين ژن هاي شاخص با بيان متفاوت، داده‌هاي خام توالي ترانسكريپتوم دو گروه مرغ با پوسته تخم سخت و ضعيف در سه مرحله از دوره آهكي شدن پوسته به‌ترتيب شامل مراحل شروع، رشد و خاتمه مورد بررسي قرار گرفت. ترانسكريپتوم (توالي كل mRNA) 18 نمونه از بافت رحم با سه تكرار در هر مرحله از هر گروه از پايگاه داده NCBI اخذ گرديد و سپس به‌ترتيب مراحل پيش‌پردازش خوانش‌ها با نرم‌افزارهاي SRAtookit، fastQC و Trimmomatic، هم‌رديفي و مكان‌يابي خوانش‌ها با نرم‌افزارهاي Hisat2 و Samtools و سپس آناليز بيان و بيان افتراقي با پكيج نرم‌افزاري Cufflinks انجام شد، در انتها آناليز هستي‌شناسي ژن‌هاي شاخص در دو پايگاه داده DAVID و Ensemble مورد بررسي قرار گرفت. در نتيجه آناليز بيان افتراقي، 28833 ژن بر روي ترانسكريپتوم نمونه‌ها شناسايي شد كه در نهايت، 1338 ژن در مرحله شروع، 81 ژن در مرحله رشد و 190 ژن در مرحله خاتمه با بيان متفاوت و معني‌دار شناسايي شد (P 0.00025). با در نظر گرفتن log2(fold_change) 4 و log2(fold_change) -4، 51 ژن در مرحله شروع، دو ژن در مرحله رشد و چهار ژن در مرحله خاتمه به‌عنوان شاخص‌ترين ژن‌ها با بيان متفاوت و معني‌دار مشخص شدند. آناليز هستي‌شناسي ژن هاي شاخص نشان داد، به‌طور عمده به‌ترتيب در فعاليت‌هاي اتصال پروتئين، تنظيم رونويسيDNA، پاسخ ايمني، متابوليسم چربي و اتصال يون كلسيم نقش دارند.