تحليل مقايسه‌اي ژنوم كروناويروس‌هاي بيماريزاي انسان و دام

زمينۀ مطالعه: كروناويروس‎هايي كه عمدتاً عامل عفونت‌هاي گوارشي و تنفسي هستند، در طيف وسيعي از ميزبانان شناسايي شده‌اند. در بين انبوه داده‌هاي ژنومي به‌دست آمده از اين خانواده تفاوت‌ها و تشابهاتي ديده مي‌شود كه قابل تحليل با روش‌هاي مجازي مي‎باشد.هدف: در مطالعه حاضر مقايسه ژنومي كروناويروس‌هاي مهم در حوزه پزشكي و دامپزشكي با هدف دست‌يابي به اطلاعات بيشتر و دقيق‌تر از تشابهات و تفاوت‌هاي ژنتيكي اعضاي مختلف اين خانواده صورت گرفته است.روش‎كار: توالي‌هاي ژنومي گونه‌هاي مهم بيماريزاي كرونا ويروس از پايگاه‌هاي داده‌ NCBI وVPR استخراج شد. در ادامه، با استفاده از الگوريتم بلاست توالي‌هاي ساير گونه‌ها با توالي ژنوم ويروس SARS-CoV-2 هم‌رديف‌ و درصد تشابهات محاسبه شد. توالي‌هاي اسيدآمينه پروتئين‌هاي ساختاري و غيرساختاري مرتبط با نواحي كدشونده (CDS) به صورت جداگانه هم‌رديف شدند و ميزان شباهت آن‌ها محاسبه شد. ساختارهاي فضايي هر پروتئين با پروتئين متناظر در ويروس SARS-CoV-2 مقايسه شدند و ميزان تشابهات به صورت مدل امتياز دهي قالبي (TM-Score) به‌دست آمد. در پايان، درخت سلسله‌تبار گونه‌هاي كروناويريده بر مبناي داده‌هاي توالي نوكلئوتيدي و اسيدآمينه رسم شد.نتايج: بيشترين تشابهات بين‌گونه‌اي، از لحاظ توالي نوكلئوتيدي، آمينواسيدي و اشكال فضايي، در پروتئين‌هاي غيرساختاري nsp12، nsp13، nsp14 و nsp16 مشاهده شد. ژن‌هاي كد كننده اين پروتئين‌ها در ناحيه ژني ORF1ab قرار دارند كه در رونوشت برداري ويروس نقشي حياتي دارد.نتيجه گيري نهايي: بر اساس نتايج به‌دست آمده از مطالعه حاضر مجتمع رونوشت برداري شباهت‌هاي زيادي در بين كروناويروس‌هاي انساني و دامي دارد. داده‌هاي تطبيقي و تحليلي مجتمع رونوشت برداري ويروس‌هاي خانواده كروناويروس را مي‌توان به عنوان يك هدف مهم جهت توسعه روش‌هاي تشخيص، انواع درمان‌هاي ضد ويروسي و طراحي واكسن مورد استفاده قرار داد.