بررسي اثر مهاري پپتيد CLF36 مشتق شده از لاكتوفرين شتري بر مسير پيام‌رسان NF-кB در محيط شبيه‌سازي شده مولكولي (In silico)

هدف از اين مطالعه، بررسي اثرات مهاري لاكتوفرامپين- لاكتوفريسين شتري نوتركيب بر مسير فاكتور هسته‌اي كاپا B (NF-кB) بود. اين پپتيد (CLF36) كه با مطالعه قبلي در آزمايشگاه بيوتكنولوژي گروه علوم دامي دانشكده كشاورزي دانشگاه فردوسي مشهد (شماره دسترسي بانك ژن: MH327768.1) تهيه شده است. اثرات بازدارندگي اين پپتيد با شبيه‌سازي داكينگ مولكولي (In silico) ارزيابي شد. داده‌هاي پروتئين براي مسير پيام‌رسان NF-кB از بانك داده‌هاي پروتئين (PDB) و UniProt جمع‌آوري شد. سپس، شبيه‌سازي برهم‌كنش (داكينگ) پپتيد CLF36 با مسير پيام‌رسان NF-кB در بالادست، سايتوكين‌هاي پيش‌التهابي (مانند TNF-α و IL-6) و در پايين‌دست، IKK-β وNF-κB-p65  سيتوپلاسمي با استفاده از نرم‌افزار آنلاين  ClusPro 2.0انجام شد. تجزيه و تحليل بيوانفورماتيكي بر اساس برهم‌كنش‌هاي مولكولي اين پپتيد با جايگاه فعال پروتئين‌هاي مسير NF-кB نشان داد كه ممكن است نقش تعديل‌كنندگي و ضدالتهابي در فرآيندهاي ايمني را با اثر مهاري بر روي سايتوكين‌هاي TNF-α و IL-6 در بالادست و IKK-β و NF-κB-p65 در پايين دست مسير پيام‌رسان NF-кB  داشته باشد. اين نتايج مشابه با اثرات مهاري Infliximab،Camelid Fab، NEMO و GILZ بر روي مسير پيام‌رسان NF-кB است. علاوه‌براين، اين يافته‌ها ممكن است يك مبناي نظري براي مكانيسم‌هاي درماني پپتيد CLF36 فراهم كند.