مطالعه بيان افتراقي ژن‌هاي مرتبط با باروري در بافت جسم زرد گاو نژاد هلشتاين با استفاده از داده‌هاي RNA-Seq

صفت باروري بعنوان عامل اصلي براي تداوم سودآوري در مزارع گاو شيرده محسوب مي‌شود. پژوهش حاضر، به منظور تعيين ژن‌هاي بيان شده افتراقي در باروري گاو نژاد هلشتاين با استفاده از داده‌هاي ترانسكريپتوم صورت گرفت. بدين منظور، در مجموع نمونه بافت جسم زرد 18 رأس گاو نژاد هلشتاين با نوبت زايش 2 به بالا كه به‌صورت تركيب شد(Pooling)  در دو گروه با باروري زياد و باروري كم هر كدام در سه تكرار بيولوژيك تقسيم‌بندي شده بودند استفاده شد. تمامي مراحل آماده‌سازي توالي‌هاي خام و تجزيه و تحليل آن‌ها در پلتفرم گالاكسي نسخه 22.01 انجام شد و متعاقباً، هستي‌شناسي ژن با استفاده از پايگاه داده DAVID نسخه 2021 صورت پذيرفت. در نهايت، نتايج آناليز بيان افتراقي ژن در بافت جسم زرد نشان داد كه از 13049 رونوشت ترانسكريپتومي بيان شده، 19 ژن به‌عنوان ترانسكريپتوم‌هاي شاخص عمل كرده‌اند (q- value≤0.05).  همچنين، ژن‌هاي UBE3B، NIF3L1 و ORC2 سه ژن شاخص عملكردي بودند كه مقدار بيان بيشتري در جسم زرد گاوهاي با باروري زياد داشتند. ژن UBE3B در فرآيند‌هاي بيولوژيك به‌عنوان پروتئين درگير در فرآيند كاتابوليك پروتئين وابسته به يوبيكوئيتين است. در جهت تفسير بيشتر نتايج، ژن NIF3L1 در فرايند بيولوژيك تمايز نورون، تنظيم مثبت رونويسي، الگوي DNA، تنظيم منفي رونويسي با الگوي اسيد نوكلئيك، نقش دارد. همچنين، ژن ORC2 در فرايند بيولوژيك همانندسازي DNA نقش بازي مي‌كند. ژن‌هاي KRT8، PHLDB3، PPT2، LOC787628، PPYR1، TOX، TP73، DHX8، KCNN1، CLEC6A، PXMP4، LRRC26، SLC34A3 و OR13C7 در گاوهاي با باروري كم، مقدار بيان بيشتري در جسم زرد نشان داده است. سه ژن PPT2‏‏‌،‏ PPYR1 و CLEC6A جزو ژن‌هاي شاخص محسوب مي‌شوند. به عنوان نتيجه گيري كلي، جايگاه‌هاي UBE3B، NIF3L1 و ORC2 كه مقدار بيان بيشتري در جسم زرد گاوهاي با باروري زياد داشتند مي‌توانند بعنوان ژن‌هاي شاخص عملكردي در انتخاب ژنتيكي گاوهاي شيري مورد استفاده قرار گيرند.