بررسي جامع ژن‌ها و eRNA‌هاي درگير در سرطان معده و ساخت مدل پيش‌آگهي براي بقاي كلي بيماران

مقدمه: سرطان معده، يكي از شايع‌ترين سرطان‌ها و اولين علت مرگ ناشي از سرطان‌ها در ايران است. به‌دليل دانش ناكافي در مورد عناصر مولكولي دخيل در بيماري براي معرفي زيست‌نشانگرهاي تشخيصي/ پيش‌آگهي‌دهنده، بيماران مبتلا در مراحل بالاتر تشخيص داده مي‌شوند كه اين امر منجر به پيش‌آگهي ضعيف اين بيماران مي‌شود. هدف مطالعه‌ي حاضر، بررسي جامع enhancer RNAs (eRNAs) به‌منظور تعيين ارتباطات مولكولي اين عناصر با ساير ژن‌ها و ساخت يك مدل مرتبط با بقاي بيماران بود.روش‌ها: اطلاعات خام توالي‌يابي رونوشت‌ها در نمونه‌هاي سرطان معده از پايگاه داده‌ي اطلس ژنوم سرطان اخذ و eRNAها و ژن‌هاي با بيان متمايز در نمونه‌هاي توموري نسبت به نمونه‌هاي غيرتوموري استخراج شد. سپس ژن‌هاي هدف eRNAهاي با بيان متمايز بر اساس فاصله‌ي فيزيكي و همبستگي تعيين شدند و شبكه‌ي تنظيمي با استفاده از اين عناصر ترسيم شد. در نهايت با انجام تحليل رگرسيون كاكس تك‌متغيره و چندمتغيره، يك مدل پيش‌آگهي‌دهنده براي پيش‌بيني بقاي كلي بيماران ساخته و كارآيي مدل بررسي شد.يافته‌ها: با انجام تحليل تمايز بياني، 69 eRNA و 2606 ژن داراي بيان متمايز استخراج شدند و با تعيين ارتباطات بين آن‌ها، يك شبكه‌ي تنظيمي متشكل از 84 گره و 119 يال ترسيم شد. در نهايت يك مدل سه ‌جزئي مرتبط با بقا ساخته شد كه قادر به پيش‌بيني بقاي بيماران بود.نتيجه‌گيري: نتايج اين مطالعه نشان داد، مدل سه‌جزئي ساخته‌ شده شامل يك eRNA و دو ژن ديگر مي‌تواند به‌عنوان ابزار پيش‌آگهي‌دهنده در سرطان معده مورد استفاده قرار گيرد؛ اگرچه مطالعات گسترده‌تري براي كاربرد باليني اين مدل لازم است.