مقايسه روش‏هاي استخراج RNA به منظور بهينه ‏سازي استخراج RNA كل از گياه گاوزبان اروپايي تحت تنش كادميوم

كيفيت و كميت مناسب RNA براي انجام موفقيت‌آميز مطالعات پروفايل بيان ژن مانند توالي ‏يابي RNA و ريزآرايه ‏ها مسئله ضروري است. جداسازي RNA از گياهان دارويي مانند Borago officinalis كه حاوي مقادير بالايي از پلي‏ فنل ‏ها و پلي‏ ساكاريدها هستند، چالش بزرگي است. همچنين استخراج اسيدهاي نوكلئيك از بافت‌هاي گياهي كه در معرض شرايط تنش‌زاي ناشي از سميت فلزات سنگين ازجمله كادميوم قرار دارند به دليل افزايش تجمع گونه‌هاي فعال اكسيژن و متابوليت‌هاي‌ثانويه دشوار است. در مطالعه حاضر پنج روش استخراج RNA شامل روش‏هاي مبتني بر فنل-كلروفرم، CTAB، SDS، محلول استخراج RNX-Plus و RNX-Plus تغييريافته براي استخراج RNA از ريشه و برگ گاوزبان اروپايي در معرض تنش كادميوم مقايسه شد. پس از بررسي روش‏هاي استخراج، يك دستورالعمل سريع، ساده و كارآمد مبتني بر روش استخراج RNX-Plus تغييريافته ارائه شد كه بر محدوديت‌هاي ناشي از كيفيت پايين و عملكرد كم RNA جداشده از اين گياه غلبه مي‌كند. مقادير نسبت‌هاي A260/A280 و A260/A230 براي RNA حاصل از روش RNX-Plus تغييريافته به ترتيب 2.1 و 2.07 بود كه اين نتايج خلوص بالاي آن را نشان مي‏دهد. عوامل مؤثري كه منجر به حذف ناخالصي‏ ها در اين روش تغييريافته شدند عبارت‌اند از: افزايش نسبت بافر استخراج به نمونه گياهي پودر شده، استفاده از حجم بهينه كلروفرم، افزايش زمان ته ‏نشيني در دماي 20- درجه سانتي‌گراد، شستشو RNA با ليتيوم كلرايد و شستشو مجدد با اتانول. همچنين غلظت 15± 333 و 43± 463 نانوگرم در ميكروليتر RNA با عدد يكپارچگي RNA  برابر با 8.6 و 9.05 به ترتيب از ريشه‏هاي تحت تنش كادميوم و شاهد به دست آمد. ازآنجايي‌كه RNA حاصل استانداردهاي كنترل كيفيت را براي ساخت كتابخانه cDNA، RT-PCR و توالي‏ يابي RNA گذرانده است، مي‏ توان آن را به‌عنوان روشي ساده و كارآمد براي استخراج RNA از اين گياه دارويي در نظر گرفت.