شناسايي خصوصيات احتمالي يك پروتئين ناشناخته از آرابيدوپسيس با استفاده از روش هاي بيوانفورماتيكي

امروزه توالي ژنوم اكثر موجودات شناسايي شده است و اين اطلاعات در شناخت عملكرد و ويژگي‌هاي موجود مفيد هستند. در اين ميان اطلاعات پردازش نشده‌اي وجود دارد كه با پيشرفت تكنولوژي و استفاده از ابزار‌هاي بيوانفورماتيك مي‌توان از آن‌ها براي مطالعه پروتئين‌ها و ژن‌هاي ناشناخته استفاده كرد. در اين تحقيق توالي يك ژن با عملكرد ناشناخته از گياه Arabidopsis thaliana با شماره دسترسي X91953.1 در پايگاه NCBI براي بررسي و مطالعه ساختار و عملكرد احتمالي مورد استفاده قرار گرفت. اين ژن مربوط به كروموزوم شماره يك در آرابيدوپسيس تاليانا بوده و با 676 جفت باز، پروتئيني با 150 اسيدآمينه به وزن مولكولي تقريبا 15 كيلودالتون توليد مي‌كند. با استفاده از سرور‌هاي بيوانفورماتيك خصوصيات توالي ژن و پروتئين مربوطه بررسي و مشخص شد كه داراي 18 نوع موتيف تنظيمي است كه وظايف برخي از آن‌ها شناخته شده است كه مي‌توان به پاسخ به نور و فعاليت عناصر Cis براي بيان در مريستم اشاره كرد. آناليز‌ها نشان داد اين پروتئين داراي 38 موتيف است كه سه مورد در آن حفاظت شده با تكرار بالاست. اين پروتئين داراي سيگنال پپتيد در انتهاي آميني خود بوده و به فضاي خارج سلولي تراوش مي‌شود. بنابراين احتمال حضور آن در فضاي بين سلولي بيشتر از هسته و اندامك هاي درون سلولي است. محل تنظيم يك microRNA نيز روي رونوشت اين ژن وجود دارد و اين microRNA در پاسخ به شوري و همچنين در جنين فعاليت دارد. اين پروتئين ناشناخته با پروتئين ديگري در آرابيدوپسيس با شماره دسترسي UPF0540 At1g62000 داراي حدود 90 درصد همولوژي است كه براي بررسي‌هاي بيشتر براي شناسايي نقش پروتئين مورد نظر مي‌تواند مورد استفاده قرار گيرد. اين پروتئين در 10 بافت مختلف عمدتا در جنين و آندوسپرم دانه بيان مي‌شود. براساس همه آناليز هاي صورت گرفته دو وظيفه تمايز پوشش بذر و فرايند بيوسنتز مواد مترشحه در اثر نور را براي اين پروتئين مي‌توان پيش بيني كرد كه در ادامه كار روش‌هاي آزمايشگاهي براي تست عملكرد منسوب شده به آن توصيه مي‌شود.