بهينه‌سازي استخراج اسيد نوكلئيك از سيكلامن ايراني (Cyclamen coum Miller)

سيكلامن هم به عنوان گياه زينتي و هم دارويي شناخته شده است. عصاره اين گياه، فعاليت زيستي قوي و محتواي پلي فنولي، تانن و پروتئين بالا دارد. به دليل وجود اين تركيبات بازدارنده، استخراج اسيدهاي نوكلئيك از گياه دشوار است. بيشتر آزمون‌‌هاي زيستي با استخراج DNA و RNA آغاز مي‌‌شود. بنابراين، انتخاب يك روش استخراج مناسب، قابل اعتماد و تكرارپذير، اهميت زيادي دارد. در اين آزمايش، بهينه‌سازي استخراج اسيدهاي نوكلئيك از گياه سيكلامن ايراني (Cyclamen coum Miller) و امكان بيان ژن‌هاي خانه‌دار مناسب در اين گونه،  ارزيابي شد. پس از جمع‌‌آوري نمونه‌‌هاي گياهي از سه اندام برگ، گلبرگ و هيپوكوتيل، براي استخراج DNA روش‌‌هاي تغييريافته CTAB و SDS و براي استخراج RNA روش‌هاي Trizol تغييريافته، CTAB-LiCl و RNX-Plus، استفاده  شد. كيفيت و كميت DNA و RNA استخراج شده از راه الكتروفورز، اسپكتروفتومتري و PCR بررسي شد. براي تاييد كيفيت DNA استخراج شده وجود قطعات ژن‌‌هاي 18S ريبوزومي، اكتين (ACT)، توبولين (TUB) و فاكتور طويل‌سازي (EF-1a) به عنوان ژن خانه‌دار با كمك PCR بررسي  شد. بر اساس نتايج به‌دست آمده، كمترين غلظت DNA‌‌ در روش CTAB تغييريافته مشاهده شد. غلظت و كيفيت DNA نمونه‌هاي برگ، گلبرگ و هيپوكوتيل در روش SDS تغييريافته بهتر از روش CTAB بود. مقايسه سه روش Trizol تغييريافته، CTAB-LiCl و RNX-Plus در استخراج RNA، نشان داد كه روش Trizol تغييريافته از لحاظ وضوح نوارها و غلظت RNA استخراج شده بهتر از ديگر روش‌ها بود. با استفاده از اين پروتكل، نسبت جذب A260.280 نانومتر از 2.01 تا 2.10 متغير بود كه نشان دهنده كيفيت بالاي RNA جدا شده بدون آلودگي فنولي يا پروتئيني است. علاوه بر اين، نسبت A260/A230 نانومتر بين 1.99 و 2.15 بود كه نشان مي‌دهد RNA استخراج شده بدون پلي ساكاريد است. ساخت cDNA از RNA استخراج شده از سه بافت سيكلامن ايراني تنها در دو روش Trizol و RNX-Plus با موفقيت انجام شد. براي بررسي كيفيت نمونه‌هاي RNA، امكان بيان ژن‌هاي خانه‌دار با استفاده از RT-PCR ارزيابي شد. نتايج RT-PCR نشان داد كه در بين ژن‌هاي خانه‌دار، TUB و 18S در همه نمونه‌هاي برگ، گلبرگ و هيپوكوتيل سيكلامن ايراني از وضوح باند بيشتر و كيفيت بالاتري برخوردار بودند.