بهينه‌سازي استخراج DNA براي مطالعه طول تلومر از نمونه‌هاي خون منجمد

زمينه: بهينه‌سازي استخراج DNA در راستاي حفظ طول تلومر به‌عنوان زيست‌نشانگر پيري و انواع بيماري‌ها بسيار مهم است. نمونه‌هاي خوني كه به‌طور طولاني مدت نگهداري شده‌اند، منبع بسيار مهمي براي مطالعات ژنتيكي محسوب مي‌شوند. در اين مطالعه با استفاده از بافرهاي ليز مختلف به همراه بافر استخراج CTAB، كيفيت DNA استخراجي و اثر بازدارنده‌هاي همراه آن بر روي PCR كمي در مطالعات تلومر بررسي شد. مواد و روش‌ها: استخراج DNA با ۶ بافر ليزكننده گلبول قرمز و بافر استخراج بر پايه CTAB، انجام شد. يكپارچگي DNA با ژل الكتروفورز، كمّيت با جذب در ۲۶۰ نانومتر و خلوص آن با مقادير مورد انتظار ۸/۱ و ۲/۲-۲ براي نسبت‌هاي ۲۸۰A/۲۶۰A و ۲۳۰A/۲۶۰A ارزيابي گرديد. ارزيابي كمّي اثر هر بافر در واكنش q-PCR و تكرارپذيري نتايج به ترتيب با محاسبه بازده واكنش، ضريب تعيين (R2) و درصد ضريب تغييرات (%CV) محاسبه شد.يافته‌ها: بيش‌ترين مقدار DNA استخراج شده (324/93 نانوگرم بر ميلي‌ليتر، 11/53CV%:) با استفاده از بافر ۵ (۱۰ ميلي‌مولار Tris-HCL ۶/۷pH=، ۵۰ ميلي‌مولار NaCl) به‌دست آمد. تمامي بافرها مقادير مطلوب براي ۲۸۰A/۲۶۰A و ۲۳۰A/۲۶۰A داشتند و از نظر خلوص DNA تفاوتي (0/05p ) نداشتند. طبق نتايج ژل، DNA استخراج شده همه بافرها به جز يكي، فاقد خردشدگي بود. مولكول DNA استخراج شده با بافر ۱ (NH4Cl ۱۵۵ميلي‌مولار، KHCO3 ۱۰ ميلي‌مولار و EDTA ۵ ميلي‌مولار) بهترين عملكرد را در واكنش q-PCR براي ژن HBG (0/126=E و 0/97=R2) و تلومر (0/99= بازده، 0/99=R2) داشت. نتيجه‌گيري: مولكول DNA استخراج شده با بافر ۱ از نمونه خون منجمد جهت مطالعه تلومر كم‌ترين بازدارندگي q-PCR را نشان داد.