بررسي روابط فيلوژنتيكي و ساختار ژنتيكي جدايه‌هاي ايراني ويروس جزيراي پيچيدگي برگ پنبه

سابقه و هدف: ويروس جزيراي پيچيدگي برگ پنبه (CLCuGeV) يكي از ويروس‌هاي مهم آلوده كننده پنبه است كه هر ساله موجب كاهش عملكرد پنبه در همه مناطق زير كشت اين محصول مي‌شود. ژنوم اين ويروس از نوع DNA حلقوي تك‌لا است كه بصورت تك‌بخشي و با اندازه 2.8 كيلوباز درون پيكره‌هاي دوقلوي ويروس، بسته‌بندي شده است. تعداد شش ژن در ژنوم ويروس قرار گرفته است كه دو عدد در رشته ويريوني (V1 و V2) و چهار عدد در رشته مكمل (C1-C4) سازمان‌دهي شده‌اند. هدف از اين مطالعه، تعيين ارتباط فيلوژنتيكي بين جدايه‌هاي ايراني CLCuGeV كه از ميزبانان و موقعيت‌هاي مختلف جغرافيايي كشور گزارش شده است. همچنين، با بررسي ترادف‌هاي نوكلئوتيدي ژنوم كامل جدايه‌هاي ايراني ويروس، ساختار ژنتيكي جمعيت اين ويروس تعيين گرديد. مواد و روش‌ها: تعداد 8 ترادف نوكلئوتيدي مربوط به جدايه‌هاي ايراني CLCuGeV از پايگاه داده‌ي بانك ژن استخراج و آناليز گرديد، بدين ترتيب كه ابتدا همرديف‌سازي ترادف نوكلئوتيدي انجام شد و سپس درخت فيلوژنتيكي ترسيم گرديد. آناليز چندشكلي نوكلئوتيدي در بين ترادف‌ها انجام گرفت و وقوع چندشكلي واردسازي-حذف (InDel) در بين ترادف‌ها مورد بررسي شد. مقادير جايگزيني نامترادف (dN) و مترادف (dS) و نسبت dN/dS جهت بررسي فشار انتخاب طبيعي بر روي ترادف‌هاي نوكلئوتيدي محاسبه شد. يافته‌ها: ترادف نوكلئوتيدي مربوط به جدايه‌هاي ايراني CLCuGeV بسته به ميزبان و موقعيت جغرافيايي، در خوشه‌هاي مختلفي از درخت فيلوژنتيكي قرار گرفتند. آناليز چندشكلي نوكلئوتيدي نشان داد كه تعداد 8 عدد هاپلوتيپ در بين ترادف‌ها وجود دارد و تعداد 247 جايگاه‌ چندشكلي با تنوع هاپلوتيپي (ژني) و نوكلئوتيدي به ترتيب برابر با 1 و 0.03633 محاسبه گرديد. ميانگين تعداد تفاوت‌هاي نوكلئوتيدي نيز 99.429 شناسايي شد. چندشكلي InDel در بين ترادف‌ها وجود نداشت و نسبت dN/dS نيز 0.08779- محاسبه شد. به علاوه، تعداد 9 عدد رويداد نوتركيبي در موقعيت‌هاي نوكلئوتيدي مختلف يافت شد. نتيجه‌گيري: نتايج اين پژوهش پيشنهاد مي‌كند كه تغييرپذيري موجود در ترادف‌هاي ژنوم جدايه‌هاي ايراني CLCuGeV مي-تواند در فرايندهاي حياتي ويروس نظير رونويسي، همانندسازي و در نتيجه، بيماري‌زايي تأثير گذار باشد. وجود تنوع در اين بخش از ژنوم ويروس، ممكن است در آينده منجر به افزايش دامنه ميزباني ويروس يا غلبه بر مقاومت ارقام موجود گياهي گردد.