مطالعه فيلوژني، مولكولي و تكاملي ژن PALM در گوسفند

مقدمه: هدف از اين پژوهش بررسي ساختار مولكولي و تكاملي ژن پارالمين در گوسفند بود. مواد و روش ها: براي اين منظور توالي نوكلئوتيدي و اسيدآمينه اي ژن PALM در گوسفند و چندين گونه ديگر از بانك اطلاعاتي NCBI و BLAST به دست آمد. دمينه اي پروتئيني توسط نرم افزار MotifScan و CDD و موتيف ها و عملكرد احتمالي پروتئين پارالمين در گوسفند توسط نرم افزارهاي ProDam و PANTHER ، و اثرات متقابل پروتئين پارالمين با ديگر پروتئين ها توسط نرم افزار STRING شناسايي شدند. پيش بيني ساختار سه بعدي پروتئين با استفاده از نرم افزارهاي I-TASSER و PHYRE2 و جهت ترسيم درخت فيلوژني، از نرم افزار MEGA6 استفاده شد. نتايج: نتايج نشان داد كه اين پروتئين داراي 3 موتيف دخيل در تنظيم شكل سلول و سازماندهي اسكلت سلولي و باند شدن با پروتئين كيناز A گيرنده دوپامين D3 هست. بررسي هاي بيوانفوماتيكي نشان داد كه عملكرد اين پروتئين در مسيرهاي انتقال سيگنال گزارش شده است، كه توسط يك سيگنال در تعامل با يك گيرنده، باعث تغيير در سطح يا فعاليت يك پيامبر ثانويه و درنهايت ايجاد تغيير در عملكرد سلول ميشود. نتايج پيشبيني ساختار دوم و سوم پروتئين پارالمين، وجود مارپيچ هاي آلفا را نشان داد كه موتيف هاي موجود در ساختار آن منجر به نقش اين پروتيئن در تعامل با ديگر پروتئين ها ميشود. روند تكاملي ژن پالم و ايزوفرم هاي آن در گونه هاي مختلف نشان داد كه ايزوفرم PALM3 در طي روند تكاملي، زودتر از ديگر ايزوفرم ها جدا شده است. بحث و نتيجه گيري: با توجه به وجود سه موتيف در توالي پروتئين پارالمين و مشابهت ساختاري آن با زنجيره A پروتئين تروپوميوزين در گوسفند، اين پروتئين نقش مهمي را در تعامل با ديگر پروتئينها در سطح غشاي سلولي ايفا مي كند.