شناسايي و اعتبارسنجي نشانگرهاي توالي ساده تكراري (SSR) براي ماهي گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پايه داده‌هاي RNA-Seq

اين پژوهش به منظور شناسايي و اعتبارسنجي نشانگرهاي توالي ساده تكراري (SSR) مربوط به گونه ماهي گطان (Luciobarbus xanthopterus) با استفاده از داده‌هاي RNA-Seq انجام شد. پس از جداسازي بافت كبد، استخراج RNA از نمونه‌‌ها انجام گرفت. نمونه‌ها با استفاده از پلتفرم ايلومينا Novaseq 6000 توالي‌‌يابي شدند. براي بازسازي رونوشت‌‌ها، از نرم‌‌افزار Trinity (نسخه 2.15.1) استفاده شد. شناسايي SSRs با استفاده از از پايگاه MISA انجام شد. پرايمرهاي مورد نياز در واكنش زنجيره‌اي پليمراز براي 5 نشانگر SSR با نرم افزار PRIMER 3 طراحي و بر 45 ماهي گطان مورد ارزيابي قرار گرفت. سرهم‌‌بندي رونوشت‌‌ها با برنامه Trinity، 941،894 يوني ژن و 1،768،662 ترانسكريپت ايجاد كرد. در اين مطالعه، بررسي 1،276،825 توالي به‌وسيله نرم‌‌افزار MISA، منجر به شناسايي تعداد 349،871 نشانگر SSR شد. در ميان SSRs ، تكرارهاي دو و سه نوكلئوتيدي به‌ترتيب با 89/37 درصد و 8.05 درصد، بيشترين تعداد تكرار را به‌خود اختصاص دادند. 5 پرايمر مورد استفاده، 2 جايگاه چندشكلي را نشان دادند. هتروزيگوسيتي مورد انتظار و مشاهده شده براي جايگاه MN1359 به‌ترتيب 0.785 و 0.147 و براي جايگاه GM1371 به‌ترتيب 0.770 و 0.093 محاسبه شد. به‌علاوه، آزمون كاي مربع نشان داد كه جمعيت براي هر دو جايگاه در تعادل هاردي-‏وينبرگ قرار ندارد. نتايج ارزيابي معيار‌‌هاي مختلف تنوع ژنتيكي همگي گوياي كاهش تنوع در بين جمعيت مورد مطالعه بود. به طور كلي، نتايج اين تحقيق نشان داد كه SSRs جديد مي‌توانند براي اصلاح نژاد، مطالعات ژنوميك عملكردي و بررسي تنوع ژنتيكي ماهي گطان مفيد باشند.