بررسي الگوي ژنتيكي مايكوباكتريوم‌هاي غيرتوبركلوزيس با استفاده از روش VNTR

بررسي الگوي ژنتيكي مايكوباكتريوم‌هاي غيرتوبركلوزيس با استفاده از روش VNTR

زمينه و هدف: الگوي مقاومت دارويي و انتشار جهاني مايكوباكتريوم‌هاي آتيپيك (NTM و Non- Tuberculosis Mycobacterium)، نقش و اهميت مطالعات اپيدميولوژيكي اين دسته را بيشتر كرده است. يكي از روش‌هاي انگشت‌نگاري ژنتيكي كه بدين منظور مورد استفاده قرار مي‌گيرد، روش توالي‌هاي تكراري پشت سرهم VNTR)و (Variable Number Tandem Repeat نام دارد. در اين مطالعه الگوي ژنتيكي مايكوباكتريوم‌هاي آتيپيك با استفاده از روش VNTR به‌منظور مطالعات اپيدميولوژيكي اين دسته بررسي گرديد. روش بررسي: 48 نمونه ريوي و خارج ريوي جداشده از بيماران با علايم سل ريوي كه با استفاده از تست‌هاي افتراقي (شامل احياي نيترات، آزمايش فعاليت كاتالاز، آزمايش نياسين، سرعت رشد و توليد پيگمان) و روش PCR-RFLP به‌عنوان مايكوباكتريوم‌هاي غيرتوبركلوزيس شناسايي شده بودند، انتخاب و با استفاده از 7 لوكوس ژنتيكي شامل: ETR-F ، ETR-B, ETR-C, ETR-D, ETR-E, MPTR-A, ETR-A, از نظر الگوي VNTR بررسي شدند. لازم به ذكر است كه روش VNTR علاوه بر نمونه‌هاي كلينيكي به‌طور همزمان بر روي سويه‌هاي استاندارد مايكوباكتريوم‌هاي آتيپيك نيز انجام شد. يافته‌ها: نتايج به دست آمده از روش VNTR نشان داد 7 لوكوس مورد بررسي در هيچ‌كدام از سوش‌هاي استاندارد مايكوباكتريوم‌هاي آتيپيك داراي پلي‌مورفيسم نبودند؛ در حالي‌كه برخي از اين توالي‌هاي تكراري پشت سرهم در 42 نمونه از مايكوباكتريوم‌هاي غيرتوبركلوزيس جداشده از بيماران، پلي‌مورفيك بودند. در 6 نمونه باقيمانده محصول PCR (براي هيچ‌كدام از لوكوس‌ها) مشاهده نشد. نتيجه‌گيري: با وجود كارآمد بودن لوكوس‌هاي ژني نام برده براي مطالعات اپيدميولوژيكي مايكوباكتريوم توبركلوزيس كمپلكس، اين لوكوس‌ها در مايكوباكتريوم‌هاي غيرتوبركلوزيس پلي‌مورفيك نبوده و قادر به تعيين تنوع ژنتيكي و در پي آن مطالعات اپيدميولوژيكي اين دسته نمي‌باشند. لذا بررسي لوكوس‌هاي ديگر با استفاده از روش VNTR ضروري به‌نظر مي‌رسد.

Background and Objectives: Epidemiological studies of Non-tuberculosis Mycobacterium is important because of the drug resistance pattern and worldwide dissemination of these organisms. One of genetic fingerprinting methods for epidemiological studies is VNTR (Variable Number Tandem Repeat). In this study genetic pattern of atypical Mycobacterium was evaluated by VNTR method for epidemiologic studies. Methods: 48 pulmonary and non pulmonary specimens separated from patients with the symptoms of pulmonary tuberculosis (PTB) and identified as Non-tuberculosis Mycobacteriumby phenotypic and PCR-RFLP methods were selected for this study. Clinical samples and their standard strains were evaluated according to VNTR pattern using the 7 genetic loci including ETR-B. ETR-F. ETR-C. MPTR-A. ETR-A. ETR-E. ETR-D. Results: The results of VNTR method showed that none of the 7 loci had any polymorphism in the standard strains of atypical mycobacterium. Some of these variable number tandem repeat in 42 clinical samples of non-tuberculosis Mycobacterium were polymorphic while the PCR product (for any loci) was not found in the remaining 6 specimens. Conclusion: Although the used genetic loci of this study were suitable for epidemiological studies of Mycobacterium tuberculosis, these loci were not able to determine the diversity of genetics of non-tuberculosis Mycobacterium Therefore, it seems necessary that other loci be studied using VNTR method.