بررسي تنوع ژنتيكي لاكتوباسيل هاي جدا شده از محصولاتلبني سنتي ايران توسط RAPD PCR

Detection of genetic diversity of lactobacillus traditional dairy products by RAPD markers

سابقه و هدف: لاكتوباسيل ها متشكل از ارگانيزم هاي گرم مثبت، كاتالاز منفي، بدون اسپور و ميله اي شكل هستند و بيش از 90 گونه از اين باكتري شناخته شده است. سوش هاي متعددي از لاكتوباسيل هاي پروبيوتيك در طيف وسيعي از محصولات غذايي انسان ها وجود دارند. ظرفيت هاي پروبيوتيكي وابسته به سوش مي باشند، انتخاب متدهاي قابل اطمينان براي شناسايي لاكتوباسيل ها از اهميت خاصي برخوردار است با توجه به وقت گير بودن و ابهام آميز بودن روش هاي بيوشيميايي، روش هاي مولكولي مناسب تر و دقيق تر بوده و جايگزين روش هاي قبلي شده اند. هدف از اين تحقيق، شناسايي لاكتوباسيل هاي جداشده از محصولات لبني سنتي ايران با استفاده از ماركرهاي RAPD به عنوان يك ابزار موثر در طبقه بندي لاكتوباسيل ها و بررسي تنوع ژنتيكي در سويه هاي جدا شده مي باشد. مواد و روش ها: در اين مطالعه 20 ايزوله از محصولات لبني مختلف جدا شدند و پس از كشت بر روي محيط اختصاصي MRS استخراج DNA از باكتري ها انجام شد و براي بررسي تنوع ژنتيكي از ماركرهاي RAPD استفاده شد. يافته ها: از 20 پرايمر به كار رفته در اين تحقيق، 19 پرايمر باندهاي قابل كد گذاري ايجاد كردند. تعداد كل باندهاي تكثير شده توسط كل پرايمرها، 225 عدد برآورد شد كه شامل 219 باند پلي مورف، 6 باند مشترك و 63 باند اختصاصي بود. توسط نرم افزار NTSYS-PC ماتريس تشابه بر اساس ضريب Jaccard براي ژنوتيپ ها محاسبه شد. سپس گروه بندي ايزوله ها با روش UPGMA و NJ توسط نرم افزار NTSYS-PC انجام گرفت و نتايج يكسان و مشابهي از مقايسه گروه بندي با دو روش مختلف حاصل شد. نتيجه گيري: بر اساس ماتريس تشابه k2l3 و y1m4 بيشترين تشابه ژنتيكي را با يكديگر نشان دادند و در هر دو دندروگرام با هم در يك گروه قرار گرفتند. در گروه بندي براساس روش UPGMA دو شاخه اصلي A و B وجود داشت. شاخه اصلي A به دو زير گروه با ژنوتيپ هاي c6m3،y1l4، y2f3و c1d2 و شاخه اصلي B نيز به دو گروه با ژنوتيپ هاي c2h1، d3b1، y2c4، k2l3،y1m4 و p تقسيم شدند.

Aim and background. The genus Lactobacillus encompasses a diverse assemblage of Gram-positive, catalase-negative, non-spore-forming, rod-shaped organisms. Over 90 species are currently described. Several strains of probiotic lactobacilli have been incorporated in a wide range of products for human. As the probiotic capacities are strain-dependent, methods for reliable identification of lactobacilli at the strain level are of great importance. Regarding biochemical methods are time-consuming and often very ambiguous the molecular methods are more accurate. The aim of present study is typing of lactobacillus species isolated from different traditional dairy products by RAPD markers. Materials and Methods. The 20 strains used in this study were isolated from different sources. Samples were grown in MRS broth then total genomic DNA was extracted. RAPD markers were used for the detection of genetic diversity. Results. Out of 20 primers used 19 primers produced reproducible bands. The primers generated 225 RAPD loci, of which 219 were polymorph, 6 were monomorph and 63 were unique. NJ and UPGMA clustering methods performed on molecular data by NTSYS-PC software. Similar results are obtained by two methods. Conclusion. UPGMA clustering methods were performed on molecular data. Two genotypes of k2l3 and y1m4 are grouped together in two dendrograms. In UPGMA dendrogram two major clusters A and B were observed. Cluster A was divided in to2 subcluster by c6m3،y1l4، y2f3 and c1d2 genotypes. In cluster B, 2 subclusters by 6 genotypes (c2h1، d3b1، y2c4، k2l3و y1m4 and p) were observed