به كارگيري روش NASBA Real-time با استفاده از Molecular Beacon براي تشخيص ويروس HCV

Application of a NASBA Real-time assay using molecular beacon for detection of HCV virus

چكيده سابقه و هدف هپاتيت C، شايع‌ترين بيماري ويروسي قابل انتقال از طريق خون، در ميان معتادان تزريقي مي‌باشد. در مطالعه حاضر يك روش تكثير اسيد نوكلييك هم‌دما(NASBA) در تركيب با روشReal-time بر اساس پروب Molecular Beacon براي رديابي ويروس HCV مورد استفاده قرار گرفت. مواد و روش‌ها در يك مطالعه تجربي، طراحي جفت آغازگر و پروب براي ناحيه حفاظت شده 5ʹNCR ويروسHCV به طول bp 241 با نرم‌افزارهاي اختصاصي انجام شد. در مقايسه با نمونه استاندارد، حساسيت تشخيص حضور RNA ويروس تا copies/ml 500 در 100% موارد قابل آشكارسازي بود. يافته‌ها در مطالعه انجام شده، تنها يك نمونه مثبت سرولوژيك از نظر HCV با روش NASBA منفي شد، لذا حساسيت كلينيكي واكنش 6/96% بود. هم چنين توالي‌يابي در پايگاه NCBI Nucleotide Blast نشان داد اختصاصيت آناليتيكي روش 100% بوده و با ژنوم هيچ يك از ويروس ها يا توالي ژنوم انسان تداخلي نداشته است. بررسي 10 نمونه منفي از نظر سرولوژي با روش جديد طراحي شده، نشان‌دهنده اختصاصيت كلينيكي 100% بود. نتيجه گيري در نهايت، روشNASBA Real-time به علت داشتن طبيعت هم‌دما، سرعت و تكثير اختصاصي RNA ، روش بسيار مناسبي بوده و مي‌تواند كاربرد وسيعي در تشخيص سريع ويروسHCV در نمونه هاي پلاسما داشته باشد.

Abstract Background and Objectives Hepatitis C is the most common viral disease among intravenous drug users transmitted mainly through blood transfusion. In this study, we used an isothermal nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) in combination with a molecular beacon probe-based real-time assay for detection of HCV. Materials and Methods In this experimental study, the conserved 5’NCR region with the length of 241 bp was used for probe and primers design. In comparison with the standard, RNA virus detection sensitivity of the method was 100 percent for up to 500 copies/ ml. Results No serological positive sample was detected with this assay; the clinical sensitivity of reaction was 96.6%. NCBI Nucleotide Blast showed 100% analytical specificity and no cross was observed with viruses or human genome. Investigation of 10 serological negative samples showed the clinical specificity to be 100%. Conclusions In summary, due to its isothermal nature, its speed, and its use for RNA specific amplification, NASBA real-time assay will have broad applications for the rapid detection of HCV in plasma samples.