تعيين توالي بخش HVS-I از ناحيه D-Loop ژنوم ميتوكندري جمعيتي از مرغ بومي مرندي و ترسيم رابطه فيلوژني آن با ساير مرغان اهلي

Determination the mtDNA D-loop Sequence in Marandi Native Chicken Population and Its Phylogenic Relationships with Other Breeds

چكيده نژاد هاي بومي مرغان اهلي در هر كشور به عنوان سرمايه ملي تلقي مي شوند و حفظ آنها از نظر حفظ تنوع زيستي بسيار مهم مي باشد. بررسي ژنوم ميتوكندري در يك نژاد و مقايسه آن با ساير نژادها مي تواند شاخص مناسبي از ميزان تنوع موجود در آن جمعيت را ارايه دهد. اين تحقيق به منظور تعيين توالي بخش HVS-I از ناحيه D-loop ژنوم ميتوكندري مرغ مرندي ايران انجام گرفت. استخراج DNA از 15 قطعه مرغ خالص مرندي كه به طور تصادفي انتخاب شده بودند، انجام شد و ناحيه HVS-I با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي تكثير و قطعات تكثير شده پس از كلون كردن توالي يابي شدند. از 15 نمونه اوليه در نهايت 10 توالي منفرد و يك توالي كلي بدست آمد. از تجزيه و تحليل توالي هاي بدست آمده 6 هاپلوتيپ مشخص و توالي نمونه ها در پايگاه اطلاعاتي NCBI و با كدهاي دسترسيGU481096 - GU481104 ثبت شدند. پس از اخذ توالي هاي مشابه ژنوم ميتوكندري ديگر نژادهاي مرغ موجود در بانك جهاني ژن، درخت فيلوژني با استفاده از توالي كلي بدست آمده ترسيم شد. نتايج فيلوژني مشخص كرد كه مرغان بومي مرندي ايران با مرغ بومي كشور آذربايجان، پليموت راك پر خط دار، لگهورن سفيد، مرغ ابريشمي و مرغ جنگلي خاكستري (سونراتي) نزديكي بيشتري دارد كه اين امر ممكن است به دليل نزديكي جغرافيايي زيستگاه نژاد مرندي و بومي كشور آذربايجان و همچنين مشابهت ژنتيكي مرغ مرندي ايران به نژادهاي مديترانه اي باشد.

Abstract Native chicken breeds are national investment and conservation of these populations is very important from biodiversity aspects. Studying mitochondrial genome in one breed and comparing it with other breeds can give useful information about genetic diversity in that population. This study carried out for determination of mitochondrial HVS-I sequence in Marandi native chicken. DNA was extracted from 15 random birds and HVS-I region was amplified using specific primers and then sequenced after cloning. From 15 primary sequences, 10 were sequenced properly and one consensus sequence was obtained. In studied population 6 haplotypes were observed and submitted to gene bank (NCBI) under accession numbers of GU481096-GU481104. The phylogenic tree was drawn with consensus sequence of Mazandarani breed and other similar sequences of different chicken breeds obtained from gene bank. In the phylogenic tree, the Marandi breed was clustered with Azarbayjan native, white Leghorn, barred plymoth Rock, Silky and Sonerati breeds. Then, it can be concluded that Marandi breed has genetic similarities with some commercially productive chicken breeds.