بررسي تفاوت‌هاي ژنتيكي ژيارديا لامبليا در شهرستان خرم آباد و روستاهاي اطراف آن با استفاده از PCR و تعيين توالي بازي

Evaluattion of Giardia lamblia genetic differences in Khorramabad City and surrounding villages by use of PCR and sequencing

چكيده زمينه و هدف: ژيارديا لامبليا تك ياخته انگلي آلوده كننده روده كوچك است كه در سراسر جهان انسان را آلوده مي‌كند. اين انگل در انسان معمولاً به وسيله مواد غذايي و آب‌هاي آلوده به كيست انتقال مي‌يابد. هدف از اين تحقيق ارزيابي تفاوت‌هاي ژنتيكي ژيارديا لامبليا در شهر خرم آباد و روستاهاي اطراف با استفاده از PCR و تعيين توالي بود. روش‌ بررسي: در اين تحقيق 30 نمونه مثبت مدفوع از نظر ژيارديا لامبليا از شهر خرم آباد و روستاهاي اطراف جمع آوري شد و سپس نمونه ها بعد از صاف كردن در محلول ديكرومات 5% نگهداري شدند. قبل از استخراج DNA با روش فنل كلروفورم تمامي نمونه ها براي زدودن ديكرومات با محلول PBS شستشو داده شدند. به منظور تعيين تفاوت‌هاي ژنتيكي 5 نمونه بصورت تصادفي انتخاب و تعيين توالي بر روي آنها انجام شد. يافته ها: پس از استخراج DNA، تكثير ژن GDH با روش PCR از 30 نمونه مدفوع داراي انگل بر روي 24 نمونه با موفقيت انجام شد. هم رديفي توالي GDH به دست آمده با توالي‌هاي بانك ژن انجام گرديد و بدليل محدوديت مالي 3 نمونه شهري و 2 نمونه روستايي همه از ژنوتايپ A زيارديا لامبليا بودند و تفاوتي مشاهده نشد. نتيجه گيري: اين مطالعه نشان داد كه ژنوتايپ غالب در شهر خرم‌آباد و روستاهاي اطراف مي تواند ژنوتايپ A باشد ولي بدليل محدود بودن نمونه ها تحقيقات بيشتري لازم مي‌باشد.

ABSTRACT Background and Aim: The intestinal protozoa Giardia lamblia is a parasite frequently involved in human parasitic gastroenteritis throughout the world. Transmission of G. lamblia cysts to human occurs mainly via ingestion of contaminated food and water. The aim of this study was to evaluate Giardia lamblia genetic differences in the Khorramabad City and its surrounding villages by means of PCR and sequencing. Material and Methods: In these study 30 fecal samples positive for Giardia lamblia were collected from the patients in Khorramabad city and its surrounding villages. The samples were fixed in dichromate 5% after filtration. Before DNA extraction, all samples were washed with PBS solution in order to remove dichromate. For determination of genetic differences sequencing on 5 samples was performed. Results: After DNA extraction, amplification of GDH gene from 24 of 30 samples was performed by PCR, successfully. Alignment of the obtained GDH sequences with reference sequences (gene bank) indicated the presence of only one genotype of G. lamblia; 5 specimens were identified as G. lamblia assemblage A. Conclusion: Assemblage A was the dominant genotype in Khorramabad City and its surrounding villages. Because of limited number of samples in this study, further studies with higher number of samples are recommended.