خالص‌سازي و تعيين ترادف نوكليوتيدي ژنوم كامل ويروس موزاييك زرد كدو- جدايه فارس *‌

PURIFICATION AND THE COMPLETE GENOME SEQUENCE OF ZUCCHINI YELLOW MOSAIC VIRUS- FARS ISOLATE

ويروس موزاييك زرد كدو (Zucchini yellow mosaic virus) از نمونه هاي كدوي داراي علايم موزاييك، تاولي شدن و بدشكلي برگ و ميوه و كاهش رشد از مزارع منطقه كفترك شيراز به كمك آزمون اليزا، جداسازي و يك نمونه به‌عنوان جدايه فارس اين ويروس ((ZYMV-F به منظور انجام مراحل بعدي تحقيق بررسي شد. ZYMV-F در شرايط گلخانه در كدو تكثير و از بافت هاي آلوده براي خالص سازي فيزيكي ويروس استفاده شد. از آنتي سرم به‌دست آمده از آموده خالص ويروس، در آزمون هاي سرولوژيكي استفاده شد. با بهره گيري از روش به دام اندازي آر اِن اِي پيك و آغازگرهاي اختصاصي طراحي شده، واكنش ترانويسي معكوس و زنجيره اي پلي مراز (RT-PCR) انجام شد و دي اِن اِي‌هاي تكثير شده، همسانه‌سازي و تعيين ترادف شدند. با تجميع ترادف هاي به‌دست آمده، ترادف كامل ژنوم ZYMV-F شامل 9591 نوكليوتيد (رس شمار JN183062 در بانك ژن) به‌دست آمد. آناليزهاي فيلوژنتيكي براساس ترادف نوكليوتيدي و آمينو اسيدي ژنوم كامل و هر كدام از ژن ها به‌طور انفرادي نشان داد كه ZYMV-F بيشترين شباهت را به جدايه هاي اسراييل و اسلواكي ZYMV دارد. هم‌چنين بر‌اساس ترادف قسمتي از ژن پروتيين پوششي، مشخص شد كه جدايه هاي ويروس در ايران در سطح نوكليوتيدي و آمينواسيدي شباهت زيادي به هم دارند و جدايه فارس و كرج در يك گروه قرار مي گيرند. اين اولين گزارش از تعيين ترادف كامل ژنوم ZYMV در ايران و دومين گزارش از منطقه خاور ميانه و نزديك است.

Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV (was isolated from squash samples with symptoms of stunting, leaf blistering and distortion of leaf and fruits, collected in cucurbit fields in Kaftarak area (Shiraz) and verified by ELISA test, designated Fars isolate (ZYMV-F). The virus was propagated in squash plants under greenhouse conditions and purified from infected tissues. The antiserum obtained from purified virus was used in serological tests. Complete sequence of the virus genome was determined using mRNA capture kit and PCR with specific primers followed by cloning and sequencing. Following the sequence walking technique a contig of 9591 bp (JN183062) representing the whole genome of the virus was generated. Phylogenetic analysis based on the nucleotide and amino acid sequence of the whole genome and individual genes showed that ZYMV-F is closest to Israel and Slovakia isolates. Analysis of partial sequence of CP gene showed that ZYMV isolates in Iran are very similar, with Fars and Karaj isolates clustering in the same clade.