بررسي تاثير اينترفرون بر پايداري ژن‏هاي كنترل در رده‌هاي سلولي Huh-7 و HepG2

Evaluation of the Effects of Interferon on Stability of Control Genes in Huh-7 and HepG2 Cells

هدف: اخيراً به‏كارگيري روش‏هاي بررسي رونوشت‏هاي اسيدهاي ريبونوكلييك به منظور درك تغييرات بياني ژن‏ها طي تداخلات پروتيين‏هاي ويروس‏هاي كبدي با مسير اينترفرون در رده‌هاي سلولي كبدي اهميت فراواني يافته‌اند. يكي از قدرتمندترين روش‏ها در بررسي‏هاي كمّي بيان ژن‏ها روش كمّي واكنش زنجيره‌اي پليمراز در زمان واقعي است. بيان ژن‏هاي مرجعي كه براي نرماليزه كردن نتايج در اين روش به‏كار گرفته مي‌شوند ممكن است تحت تاثير شرايط مختلف آزمايشي يا تيمارهاي مختلف قرار بگيرد. بنابراين در اين مطالعه، تاثير تيمار با اينترفرون آلفا بر سطح اسيد ريبونوكلييك پيام‌آور ژن‏هاي مرجع متداول شامل ACTB، GAPDH، TBP، HPRT-1 و HMBS در رده‌هاي سلولي HepG2 و Huh-7 بررسي شده است. مواد و روش‏ها: سلول‏ها با غلظت‏هاي مختلف اينترفرون آلفا تيمار شدند. سپس با كمك دو نرم‌افزار geNorm و NormFinder ثبات بيان ژن‏هاي مرجع مورد مطالعه در سه گروه نمونه شامل‌ هريك از رده سلولي كبدي و مجموع دو رده با هم بررسي شد. نتايج: HPRT-1 و GAPDH پايدارترين ژن‏ها در رده سلولي Huh-7 هستند در حالي كه HMBS، ACTB و GAPDH در رده سلولي HepG2 پايدارترين ژن‏ها هستند. به علاوه TBP يكي از ناپايدارترين ژن‏هاي مرجع در گروه‏هاي مورد مطالعه بوده است. نتيجه‌گيري: نتايج اين پژوهش ژن‏هاي مرجع مناسب براي استاندارد كردن نتايج واكنش زنجيره‌اي پليمراز در زمان واقعي در مدل سلول كبدي تحريك شده با اينترفرون آلفا را معرفي مي‌كند.

Objective: Understanding gene expression variations by using RNA transcript analysis methods during hepatic viral protein interactions with the IFN pathway in hepatic cell lines has recently gained importance. One of the most powerful techniques in gene expression quantification is quantitative real-time RT-PCR. Reference genes used as normalizer in this method may be affected across various experimental conditions or treatments. Hence, in the present study, the influence of IFN-? treatment on the mRNA levels of common reference genes including ACTB, GAPDH, TBP, HPRT1 and HMBS was evaluated in Huh-7 or HepG2 cell lines. Methods: Cells were treated with different concentrations of IFN-?. Then, using geNorm and NormFinder programs, we evaluated the expression stabilities of the above prominent reference genes in three sample groups that included each hepatic cell line and the total data sets. Results: HPRT-1 and GAPDH were the most stable reference genes in the Huh-7 cell line, whereas ATCB, HMBS and GAPDH were the most stable in the HepG2 cell line. TBP was one of the least stable reference genes in the three studied groups. Conclusion: This investigation will provide appropriate reference genes for standardization of quantitative real-time PCR data in an IFN-? stimulated model of hepatocyte cell lines.