ارزيابي تنوع ژنتيكي جدايه‌هاي Pseudomonas syringae pv. syringae عامل شانكر باكتريايي درختان ميوه هسته‌دار در چند استان شمالي ايران

THE ASSESSMENT OF GENETIC DIVERSITY OF STRAINS OF Pseudomonas syringae pv.syringae CAUSING BACTERIAL CANKER IN STONE FRUITS IN SOME NORTHERN PROVINCES OF IRAN

باكتري (Pss) Pseudomonas syringae pv. syringae عامل بيماري‌هاي بسياري روي محصولات زراعي و باغي مي‌باشد يكي از مهم‌ترين بيماري‌هاي ناشي از اين باكتري شانكر، لكه برگي و نكروز پوست در درختان ميوه هسته‌دار (هلو، شليل، زردآلو، آلو و گيلاس) است. به منظور بررسي همساني يا تنوع جدايه‌هاي عامل بيماري، طي سال‌هاي 1386-1388 از باغات درختان ميوه هسته‌دار واقع در مناطق مختلف استان‌هاي اردبيل، گيلان، مازندران و خراسان رضوي نمونه‌برداري صورت گرفت. باكتري‌هاي جداشده از بافت‌هاي آلوده جوانه، برگ، شاخه و تنه بر اساس آزمون‌هاي گروه LOPAT و GATTa، Pss شناسايي شدند. تعداد 70 جدايه مورد بررسي‌هاي فنوتيپي (مورفولوژيكي، فيزيولوژيك و بيوشيميايي) و الكتروفورز پروتيين‌هاي سلولي ( SDS-PAGE) قرار گرفتند. جدايه‌ها از نظر خصوصيات فنوتيپي و الگوي پروتيين‌هاي سلولي اختلاف‌هاي جزيي نشان دادند. جهت ارزيابي تنوع ژنتيكي، DNA ژنومي جدايه‌ها استخراج و در واكنش زنجيره‌اي پليمراز (rep-PCR) با استفاده از آغازگرهاي ERIC و REP بررسي شد. آناليز خوشه‌اي نتايج به دست آمده نشان داد كه در ERIC-PCR در سطح تشابه 75 درصد، جدايه‌ها به 8 گروه و با REP-PCR به 5 گروه و با تركيب همه آغازگرها به 9 گروه تقسيم شدند. نتايج نشانگر وجود تنوع ژنتيكي درون جدايه‌هاي Pss عامل بيماري شانكر درختان ميوه هسته‌دار بود.

Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) is the causative agent of several bacterial diseases on a range of agricultural and horticultural crops that causes canker, leafspot and necrosis of the bark of stone fruit trees (peach, nectarine, apricot, plum and cherry). In this research samples were collected from various areas in Ardebil, Guilan, Mazandaran and Khorasane- Razavi provinces during 2007-2009. Bacterial strains identified as Pss, on the basis of LOPAT and GATTa were selected. Number of 70 bacterial isolates were compared based on their physiological and biochemical characteristics and total cellular protein profiles (SDS-PAGE). Pss isolates showed slight differences in phenotypic characteristics and protein profiles. To assess genetic diversity among the strains, genomic DNA was extracted from strains and used in ERIC and REP-PCR analysis. Strains formed 8 and 5 clusters in the ERIC-PCR and REP-PCR, at 75% similarity level, respectively and by the combination data set of both ERIC and REP-PCR, strains formed 9 clusters. The results demonstrated the existence of a considerable genetic diversity among Pss strains causing canker of stone fruit trees in the northern provinces of Iran.