توسعه دقت و حساسيت روش‌هاي نوين در رديابي باكتري Erwinia amylovora در مواد گياهي با آلودگي‌هاي پنهان

COMPARISION AND DEVELOPMENT OF NEW METHODS FOR DETECTION OF Erwinia amylovora IN LATENT INFECTION PLANT MATERIAL

بيماري آتشك با عامل Erwinia amylovora يكي از مهم‌ترين و مخرب‌ترين بيماري‌هاي خانواده گل‌سرخيان است. روش‌هايي كه با سرعت و حساسيت زياد پاتوژن را رديابي مي‌كنند ابزار مهمي در كنترل بيماري هستند. در اين تحقيق حساسيت و دقت چهار روش تشخيصي مختلف بدون غني‌سازي و به همراه غني‌سازي مقايسه و ارزيابي گرديد. روش كشت روي محيط نيمه انتخابي CCT تا CFU/ml1 باكتري E. amylovora را از عصاره گياه آلوده تشخيص داد اما قادر به رديابي آلودگي پنهان نبود. با استفاده از غني‌سازي تشخيص و رديابي باكتري در آلودگي‌هاي پنهان امكانپذير شد. روشLateral flow immuno Chromatography غلظت CFU/ml 105 باكتري در عصاره گياه آلوده را شناسايي نمود، ولي پس از غني‌سازي علاوه بر توان رديابي باكتري در شرايط آلودگي پنهان، دقت تشخيص اين آزمون صد هزار برابر يعني تا CFU/ml 1 افزايش پيدا كرد. روش PCR معمول و PCR آشيانه‌اي با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي با موفقيت قادر به رديابي آلودگي پنهان و جمعيت‌هاي پايين باكتري در حد CFU/ml1 باكتري در عصاره گياهي با غني‌سازي و بدون غني‌سازي شد. غني‌سازي تاثيري در افزايش دقت اين آزمون مولكولي نداشت هرچند كه در رديابي سلول‌هاي زنده باكتري بسيار موثر است.

Fire blight disease caused by Erwinia amylovora is deemed to be one of the most important and devastating disease affecting in Rosacea. Sensitive and rapid detection protocols are important tools in disease control. In this research sensitivity and specificity of four different detection methods with and with out enrichment were evaluated. 1CFU/ml E. amylovora could be detected by selective culture method in infected plant extract but not in latent infections. However, enrichment was increased the susceptibility of this method to detect E. amylovora in latent infections. Lateral flow immunochromatography detect 105 CFU/ml bacteria in infected plant extract and enrichment made this method to detect latent infections and increased the sensitivity to detect 1CFU/ml bacteria. Using specific primers, the standard and nested PCR were detected 1CFU/ml bacteria in infected plant material .