تعيين گونه ها و تنوع استرين هاي ريزوبيوم عامل بيماري گال طوقه مو با IS50-PCR

Determination of Rhizobium species and heterogeneity of strains causing grapevine crown gall disease by IS50-PCR

بيماري گال طوقه يكي از مهم ترين بيماري هاي تاك در اكثر تاكستان هاي دنيا است ولي خسارت بيماري در مناطقي كه آب وهواي سرد دارند شديدتراست. به منظور بررسي تنوع گونه ها و استرين هاي ريزوبيوم عامل بيماري، 105 استرين از غده هاي در حال رشد روي ساقه و طوقه انگور(Vitis vinifera)، در استان هاي آذربايجان شرقي و غربي در سال هاي 89-1388 جدا گرديد. شناسايي گونه و تنوع استرين ها با مقايسه ويژگي هاي فنوتيپي ، حضور ژن virD2 ، ژن سنتز پلي گالاكتروناز و نيز انگشت نگاري ژنتيكي حاصل از IS50-PCR با يكديگر و با استرين هاي مرجع Rhizobium ارزيابي گرديد. ژن virD2 استرين ها با استفاده از جفت آغازگر VirD2A/VirD2C تكثير گرديد كه 92 استرين با اين آغازگر قطعه 224 جفت نوكلوتيدي را تكثير كردند. به منظور تفكيك دو گونه R.vitis و R.radiobacter ژن مولد پلي گالاكتروناز استرين ها با استفاده از جفت آغازگرPGF/PGR تكثير شد. تعداد 77 استرين كه با اين آغازگر قطعه 466 جفت نوكلوتيدي را تكثير كردند به عنوان R.vitis و بقيه R.radiobacter تشخيص داده شدند. در مقايسه نقوش قطعات DNA تكثيرشده در IS50-PCR ، استرين ها در سطح تشابه 55 درصد در 4 گروه قرار گرفتند، اكثر استرين ها با استرين مرجع R.vitis در يك گروه قرار گرفتند، در سطح تشابه %80 استرين هاي هر دو گروه تشكيل چندين زير گروه را دادند كه نشان دهنده وجود تنوع زياد درون گونه اي در جمعيت هر دو گونه مي باشد.

Crown gall is amongst the most important diseases of grapevine (Vitis vinifera) in many areas where grapevine is grown worldwide. To assess the diversity of Rhizobium species and strains, associated with the crown gall disease of grapevine in the major grapevine growing areas of northern Iran, 105 strains of the suspected bacterium were isolated from tumors of the crown and vines collected from vineyards in East and West Azarbayjan provinces. The strains were characterized by their phenotypic features, presence of virD2 and polygalacturonase genes and comparison of IS50-PCR fingerprints of the strains with those of the reference strains. Ninety two strains amplified a 224 bp fragment of the VirD2 gene in PCR reactions using VirD2A/VirD2C primers. Sixty four strains of Rhizobium (Agrobacterium) could amplify a 466 bp fragment with the primers PGF/PGR were identified as R. vitis. Strains were differentiated into 4 clusters at 55% similarity level of IS50-PCR generated fingerprint patterns. The majority of the strains formed subgroups in R.vitis cluster. Division of each of these two clusters into several subgroups at 80% similarity level reflected existence of a great level of diversity in population of both species.