خوشه بندي بياني پروتيين هاي سرطان دهانه رحم

چكيده مقدمه: سرطان دهانه رحم، دومين سرطان مرگ بار بين زنان در كشورهاي در حال توسعه و هفتمين در كشورهاي پيشرفته است. غربالگري در سرطان گردن رحم براي پيدا كردن ژن ها و پروتيين هايي كه نقش بيوماركر تشخيصي و درماني بازي كند در حال پيشرفت است از طرفي مكانيسم ملكولي تومورزايي وابسته به دسته هاي پروتييني است كه در حالت بيماري تغيير مي نمايد بنا بر اين كشف اين گروه هاي پروتييني امري ضروري به نظر مي رسد. در اين مطالعه به بررسي پروتيوم سلول هاي بافت سرطان سرويكس و مقايسه آن با بافت نرمال با كمك تكنيك پروتيوميك پــرداخته مي شود و پروتيوم از نظر آماري به دسته هاي پروتييني مجزايي خوشه بندي مي گردد. مواد و روش ها: استخراج پروتيــين از نمونه هاي بافت نرمال و سرطاني گردن رحم صورت گرفت سپس پروتيين ها در مرحله اول(IEF) بسته به pH ايزوالكتريك خود روي نوار استريپ تفكيك شدند و مرحله دوم الكتروفورز دوبعدي SDS page است كه مرحله جداسازي پروتيين ها بر اساس وزن مولكولي مي باشد. ژل هاي هر دو گروه مورد آزمايش، جهت رويت لكه هاي پروتييني به روش كوماسي بلو آميزي شدند. در نهايت پروتيين هاي دو گروه جهت آناليز بيوانفورماتيكي و آماري(آناليز خوشه بندي و آناليز مولفه اصلي) با نرم افزار progenesis same spot مورد مطالعه قرار گرفتند. يافته هاي پژوهش: آناليز بيوانفورتيكي و آماري با نرم افزار progenesis same spot بر ژل هاي به دست آمده از تكنيك الكتروفورز دوبعدي 158 نقطه پروتييني را مشخص كرد كه تعدادي از آن ها داراي افزايش بيان و تعدادي داراي كاهش بيان بودند. 19پروتيين در گروه سالم داراي بيان بيشتري نسبت به سرطاني داشتند در حالي كه در گروه سرطاني 18 پروتيين داراي بيان بالاتر نسبت به نرمال داشتند. آناليز خوشه بندي، پروتيين ها را از نظر بيان به 2 خوشه اصلي تقسيم نمود كه بيانگر وجود پروتيين هايي با بيان مشابه در هر خوشه است كه اين پروتيين ها مي توانند عملكرد مشابهي را در شرايط آزمايش ارايه نمايند يا بيانگر حضور همه آن ها در مسير بيولوژيكي مشترك است. آناليز PCA نتايج حاصل از خوشه بندي را تاييد نمود و نشان داد كه داده هاي پروتييني بر طبق شرايط آزمايش خوشه -بندي شده اند. بحث و نتيجه گيري: در نهايت مي توان گفت كه آناليزهاي آماري چند متغيره اي نظير كلاسترينگ يا آناليز همبستگي و آناليز مولفه اصلي كمك مي كند به شناسايي ژن ها و گروه هايي از ژن ها كه باعث تبديل بافت نرمال به يك مرحله بدخيمي مي شود. براي شناسايي دسته هاي پروتييني دخيل در مكانيسم ملكولي سرطان سرويكس نياز به مشخص شدن نوع پروتيين ها است كه بايد توسط دستگاه اسپكتروفوتومتري جرمي تعيين هويت شوند.