بررسي كمي و كيفي DNA بلدرچين، استخراج شده با روش نمكي تغيير يافته و توالي يابي ژنومي آن

Quantity and Quality Checking of Quail DNA Extracted by Modified Salting out Method and Genomic Sequencing

استخراج DNA به صورت خالص، پايدار و با كميت و كيفيت مناسب، گام مهمي در اجراي پژوهش هاي بيولوژيكي مي باشد. در اين پژوهش، DNA مربوط به نمونه خون 600 بلدرچين ژاپني با روش نمكي تغيير يافته با پودر رختشويي و بدون استفاده از آنزيم پروتييناز K استخراج شد. نمونه هاي DNA به دست آمده در مراحل آماده سازي كتابخانه ژنومي، با نانودراپ، فليورومتر، بيوآناليزر، الكتروفورز، PCR، هضم با آنزيم هاي آندونوكلياز، اتصال برچسب و آدابتور و در نهايت با توالي يابي كل ژنوم كنترل كمي و كيفي گرديد. متوسط مقدار DNA استخراج شده با متوسط ميزان نسبت جذب نور در 260 به 280 نانومتر براي هر نمونه به ترتيب 138 ميكروگرم و 87/1 بود. فرآيندهاي تكثير، هضم، اتصال برچسب و آدابتور و توالي يابي ژنومي همه نمونه هاي DNA مورد استفاده با موفقيت كامل همراه بود. بر اساس نتايج مشخص شد كه نمونه هاي مذكور از كميت، كيفيت، قابليت و پايداري لازم و حداقل آلودگي برخوردار بودند. اين روش استخراج DNA به سادگي، سريع، ايمن و با حداقل هزينه انجام پذيرفت.

Pure, sensitive and high quantity and quality extracted DNA is very important in biological research. In this research, the whole blood samples of 600 quails (Quturnix japonica) were used to extract genomic DNA by modified salting out method (with washing powder and without Proteinase K enzyme). Quantity and quality of extracted DNA samples were assayed by Nanodrop, Fluorometer, Bioanalyzer, electrophoresis on gel, digestion with endonuclease enzymes, PCR, barcode and adapter ligation in library making processing and genome sequencing at the end. The averages of extracted DNA per sample and 260/280 OD ratio were 138µg and 1.87 respectively. All of the used DNA samples were successful in amplification, digestion, barcode and adapter ligation and genomic sequencing processes. The results showed that DNA samples were high quantity and quality, sensitive, stable and minimum contamination. In conclusion, DNA extraction by using this method is fast, safe, low cost and simply practical in any lab.