ارزيابي روش هاي مختلف استخراج DNA از كيست ژيارديا لامبليا

Assessing Different Methods of DNA Extraction from Giardia Lamblia Cysts

سابقه و هدف: ژيارديا لامبليا يكي از پاتوژن هاي تك ياخته اي مهم است كه در طبقه بندي جز تاژك داران روده اي قرار مي گيرد ژيارديازيس معمول ترين عفونت انگلي انسان در جهان است كه باعث اسهال طولاني مدت مي شود. هدف از از كيست ژيارديالامبليا به منظور تعيين روش مطلوب بود. DNA اين مطالعه مقايسه و ارزيابي 5 روش مختلف استخراج مواد و روش ها: اين مطالعه بر روي 30 نمونه مدفوع آلوده به انگل ژيارديا صورت گرفت. تشخيص بيماري با تهيه گسترش مستقيم از نمونه مدفوع و رنگ آميزي با لوگل بود.كيست هاي ژيارديا به روش گراديان سوكروز تخليص شدند و 5 روش مختلف استخراج بر روي اين نمونه ها صورت گرفت. كه شامل : ذوب و انجماد + گلوله هاي شيش ه اي+ كيت جوشاندن + فنل كلروفرم ايزو اميل الكل، سونيكاسيون + ،(PCI) ذوب و انجماد +فنل كلروفرم ايزو اميل الكل ،(FGK) بر PCR بود. سپس واكنش يك مرحله اي (High salt) فنل كلروفرم ايزو اميل الكل و ذوب وانجماد + نمك با غلظت بالا انجام گرفت. gdh استخراج شده در ناحيه ژني DNA روي از FGK به ترتيب مربوط به روش استخراج (OD) DNA يافته ها: بالاترين و كم ترين ميانگين نسبت جذب نوري است. همچنين بالاترين و كم ترين ميانگين غلظت به ترتيب (High salt) مدفوع و روش ذوب و انجماد + غلظت بالا نمك با استفاده از روش PCR است همچنين پس از الكتروفورز محصول FGK و روش PCI + مربوط به روش ذوب و انجماد بود. FGK 2 > ) مربوط به روش h) اسميري در باندها مشاهده نشد. كم ترين زمان استخراج FGK استخراج از كيست هاي ژيارديا و كاهش زمان DNA استنتاج: نتايج مطالعه حاضر نشان داد جهت رفع اشكالات استخراج روشي مطلوب و Accu prep (Bioneer) و سپس كيت استخراج (Glass beads) استخراج استفاده از گلوله هاي شيشه اي داراي بيش ترين كارآيي مي باشد.

Background and purpose: Giardia lamblia (G.lamblia) is one of flagellated protozoan pathogens. Giardiasis is the most common human parasite infection in the world, causing a lengthy course of diarrhea. The aim of the present study was to compare five different methods of DNA extraction from G.Lamblia cyst and determining the most efficient DNA extraction method. Materials and methods: This study was carried out in 30 human fecal samples with Giardia infection. To diagnose giardiasis wet mount from feces and staining with Lougol’s stain were performed. The cysts were purified and concentrated in a sucrose gradient. The isolated DNA from cysts was performed using different methods including freeze-thaw cycles, glass beads, and stool DNA extraction Kit (Accu prep); freeze-thaw cycles and Pheol-Cholorform-Isoamil alcohol (PCI); boiling and PCI; sonication and PCI; freeze-thaw and high salt. Then the gdh gene was amplified through single round PCR method. Results: The highest and lowest mean of OD were found in FGK and High salts, respectively. The highest and lowest means of concentration were seen in the freeze-thaw cycles and PCI and the FGK methods, respectively. Moreover, after using the FGK bands of PCR no smears were observed. Also, the lowest time of extraction was detected in FGK method. Conclusion: To remove problems of DNA extraction and decreasing the time of extraction, glass beads along with Accu prep stool DNA extraction Kit (Bioneer) could be suitable and the most efficient method.