مقايسه روش‌هاي مولكولي در تيپ‌بندي اپيدميولوژيك سويه‌هاي مقاوم به متي‌سيلين استافيلوكوكوس اوريوس

Comparison of molecular methods in epidemiological typing of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus

زمينه: در اين تحقيق روش‌هاي مولكولي موجود جهت تيپ‌بندي اپيدميولوژيك استاف اوريوس مقاوم به متي‌سيلين مانند روش الكتروفورز در ژل با ميدان الكتريكي ضربان‌دار (PFGE)، تيپ‌بندي بر مبناي توالي‌يابي لوكوس‌هاي چندگانه (MLST)، تيپ‌بندي بر مبناي توالي‌يابي ژني پروتيين A (Spa) Staphylococcus aureus protein A typing، تيپ‌بندي به‌روش واحد تكراري مستقيم (dru)Direct repeat unit typing و بررسي تنوع در كاست كروموزومي (SCCmec)Staphylococcal Cassette Chromosome mec از نظر قدرت تمايز مقايسه شده‌اند. مواد و روش‌ها: از 389 ايزوله كه قبلاً بررسي اپيدميولوژيكي مولكولي بر روي آن‌ها انجام شده بود 61 نمونه غيرتكراري انتخاب و تحت تيپ‌بندي با الكتروفورز در ژل با ميدان الكتريكي ضربان‌دار و تيپ‌بندي به‌روش واحد تكراري مستقيم قرار گرفتند. شاخص تمايز سيمپسون جهت تعيين قدرت تمايز هر روش و ضريب اتورگرسيون جهت تعيين قدرت تيپ‌بندي محاسبه گرديد. يافته‌ها: 61 سوش مورد مطالعه به‌ترتيب با روش PFGE، MLST، spa، SCCmec و dru به 7، 6، 6، 12 و 19 تيپ تقسيم شدند. ارزيابي قدرت تمايز براي هر روش طبقه‌بندي با شاخص تنوع سيمپسون روش‌هاي dru و PFGEرا به‌عنوان بيشترين قدرت تمايز تعريف كرد. نتيجه‌گيري: با اين مطالعه مي‌توان اين‌گونه نتيجه‌گيري كرد كه اگرچه تيپ‌بندي با روشdru روشي با قدرت تمايز بالا، ارزان و آسان جهت بررسي اپيدميولوژيك سويه‌هاي استاف اوريوس مقاوم به متي‌سيلين از تيپ 239ST مي‌باشد ولي استفاده از تركيب اين روش‌ها مثل (dru و PFGE) مي‎تواند نتايج بهتري را جهت ارزيابي عفونت‌هاي بيمارستاني ارايه دهد.

Background: The aim of present study was evaluation and comparison of widely used molecular techniques including pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), multi locus sequence typing (MLST), Staphylococcus aureus protein A typing (spa), Staphylococcal Cassette Chromosome typing (SCCmec), and SCCmec typing with recently introduced method using direct repeat unit (dru) sequencing in the hyper-variable region of the SCCmec cassette for clustering and discrimination of MRSA isolates. Material and Methods: Out of 389 already molecularly established methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates 61 representative samples were subjected to PFGE and dru typing methods according to guideline. Results: The results showed that isolates were typed by PFGE typing, MLST typing, spa typing, SCCmec was typing and dru typing to 7,6,6,12,19 different types respectively. Evaluation of the discriminatory power for each method identified dru typing and PFGE as the most discriminatory methods. Conclusion: Although the discriminatory ability of dru typing, especially with closely related MRSA ST239 strains underscore its utility as a feasible and cheap method in epidemiological investigation of MRSA, we suggest the use of the conjugation of dru typing and PFGE typing for epidemiological surveillance studies, since this combination provides more discriminatory and typeability which is useful for the control of nosocomial infection.