تشخيص مولكولي و ژنوتيپ روتاويروس هاي جدا شده از موارد گاستروانتريت حاد كودكان در كرج

Molecular detection and genotyping of rotaviruses in children with acute gastroenteritis in Karaj hospital

زمينه: روتاويروس هاي گروه A انساني شايع ترين عامل ويروسي اسهال شديد كودكان و نوزادان در سراسر جهان هستند. هدف: مطالعه به منظور تعيين ژنوتيپ هاي دخيل در عفونت روتاويروسي در كودكان مبتلا به گاستروانتريت در شهر كرج انجام شد. مواد و روش ها: اين بررسي مقطعي بر روي تعداد 200 نمونه مدفوع كودكان زير 5 سال با درگيري گوارشي مراجعه كننده به بيمارستان شهيد باهنر شهرستان كرج از مهر تا دي ماه 1390 انجام شد. ميزان آلودگي به روتاويروس و نوع ژنوتيپ دخيل در موارد درگيري با روش Semi nested multiplex RT- PCR تعيين شد. يافته ها: از200 نمونه مورد بررسي، 27 نمونه (%5/13) به روتاويروس آلوده بودند. فراواني ژنوتيپ هاي مختلف عبارت بودند از: P[8] %44، G1 %15، G9%15، G2%8، G4 %8، G4G9 %8،P[4] %4 و P[6]P[8] %4. نتيجه گيري: با توجه به يافته ها، P[8]، G1 وG9 به عنوان ژنوتيپ هاي غالب بودند، ولي عدم تكثير قطعات مربوط به پروتيين VP7و نيز ژنوتيپ هاي مختلف در ميزان قابل توجهي از نمونه هاي مثبت، لزوم استفاده از ساير پرايمرها و انجام بررسي هاي مولكولي بيش تر جهت انتخاب و طراحي پرايمرهاي جديد را مطرح مي كند.

Background: Human group A rotaviruses are the most common viral agents of severe diarrhea in children and infants worldwide. Objective: The aim of this study was to determine different genotypes of rotaviruses in children with acute gastroenteritis in Karaj. Methods: This cross- sectional study was performed on 200 stool specimens from under 5 years old children with acute gastroenteritis referred to Bahonar hospital in Karaj from September 2011 to December 2011. Rotavirus contamination and different genotypes were determined by semi-nested multiplex Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction RT-PCR. Findings: Rotavirus contamination was found in 27 samples (13.5%). P and G genotypes prevalence was found to be: P[8]: 44%, P[4]: 4%, P[6] P[8]: 4% , G1: 15%, G2: 8%, G4: 8%, G9: 15% and G4G9: 8%. Conclusion: With regards to the results, P[8], G1 and G9 were the predominant genotypes. Lack of amplification of segments related to VP7 protein and different genotypes in considerable percentage of the positive samples suggest the necessity of using other primers and further molecular studies in order to select and design new primers.